| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,781,054 | C→T | 5.1% | intergenic (‑3079/+170) | tig ← / ← lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,781,054 | 0 | C | T | 5.1% | 448.6 / 8.9 | 136 | intergenic (‑3079/+170) | tig/lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/70); new base T (5/2); total (64/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CACCATCTTGACCGATTAAACGTAATTCTTTTGCACGAATTTTGTCATTGATTTGAGTTTGATCTTTTGCTATGGTTGACACCTCCAAAATTTTTACGAAATTTGCACCAAGCAAAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGCTCTTCCTTATACACAGTTATGTGTAATGTGATTAACCTGCCAACTGCTTTATGCGTCGCTACAGGTGAGAAGCGGGTGCTTCTACTTGGTTCGTTTCGTATTCAACGTTATTAATCATATCAACAATTCACATTTA > CP000730/1780914‑1781192 | ccATCTTGACCGATTAAACGTAATTCTTTTGCACGAATTTTGTCATTGATTTGAGTTTGATCTTTTGCTATGGTTGACACCTCCAAAATTTTTACGAAATTTGCACCAAGCAAAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGc > 1:427689/1‑141 (MQ=255) cATCTTGACCGATTAAACGTAATTCTTTTGCACGAATTTTGTCATTGATTTGAGTTTGATCTTTTGCTATGGTTGACACCTCCAAAATTTTTACGAAATTTGCACCAAGCAAAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGct < 2:607988/141‑1 (MQ=255) aTCTTGACCGATTAAACGTAATTCTTTTGCACGAATTTTGTCATTGATTTGAGTTTGATCTTTTGCTATGGTTGACACCTCCAAAATTTTTACGAAATTTGCACCAAGCAAAAAGGAAGAGCAGGTATAAAATACCCGctc < 2:357413/141‑1 (MQ=255) ttGACCGATTAAACGTAATTCTTTTGCACGAATTTTGTCATTGATTTGAGTTTGATCTTTTGCTATGGTTGACACCTCCAAAATTTTTACGAAATTTGCACCAAGCAAAAAGGAAGAGCGGGTATTTTATACCTGCTCTTc < 1:869680/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |