| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
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aaTGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATN‑TAAAATTGGGGCatat < 1:269310/141‑1 (MQ=255) atttCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:279509/138‑1 (MQ=255) atgtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTg < 1:100442/141‑1 (MQ=255) gtCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGaa > 1:62052/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTGTATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATATACCTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAACTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATCTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAAc > 1:8525/1‑141 (MQ=11) cccTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAAGAAGCTTTTGTATGCTGTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAATCTGGGTCACATTcgtcaccc > 2:15134/1‑134 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tcaATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATATAAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATc < 1:287883/141‑1 (MQ=11) aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATCTTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGa > 2:278283/1‑141 (MQ=11) aTACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGa < 2:312311/141‑1 (MQ=21) tACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATNTCAGATATATCACGAt < 1:239724/141‑1 (MQ=255) cGCCATATGTAATAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTAAATTTTATA‑TAAAATTTGTGCATATTCTTGAACCTAACGGTAGATCGTTGTATGATGAACGTTTACACCAAGTTCTCTTTCTATTTCAGATATATctctctat > 2:303155/1‑134 (MQ=2) gCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATagc > 1:196192/1‑139 (MQ=255) ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCt > 1:141519/1‑141 (MQ=11) ccATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCt > 2:1443/1‑141 (MQ=11) cATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTc > 1:332418/1‑141 (MQ=21) aTTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGa < 2:32460/78‑1 (MQ=255) ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt > 2:361331/1‑141 (MQ=255) ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:96459/141‑1 (MQ=11) ttGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAAt < 2:331561/141‑1 (MQ=11) tGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATg < 2:191418/141‑1 (MQ=18) gTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGt > 1:167249/1‑141 (MQ=40) aataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGt < 2:350861/90‑1 (MQ=255) aataaGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑TAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGATCGTTGAATGATGAACGt > 1:350861/1‑90 (MQ=255) tttttATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGa > 1:79925/1‑141 (MQ=35) cTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTAAAGATTTATCTTAGATAGTAGcc > 1:3195/1‑141 (MQ=255) ttttCTTCCAAATTTGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCaa < 1:328353/141‑1 (MQ=35) ttGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGAt < 2:262815/141‑1 (MQ=35) gATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATaa < 2:329023/141‑1 (MQ=35) | CGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCAATGGCACGATATAAATAGCTCCATTTTCCTTTTATTTTGATGTACGTCTCATCAATACGCCATTTGTAATAAGCTTTTTTATGCTTTTTCTTCCAAATTTGATA‑CAAAATTGGGGCATATTCTTGAACCCAACGGTAGACCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACAT > CP000730/36238‑36517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |