BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	512620 =	114 (1.420)	64 (1.140) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	49/188	0.1	44.5%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
*	?	CP000730	1998278 =	NA (NA)	64 (1.140) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	49/188	0.1	44.5%	intergenic (‑6/+5)	USA300HOU_t0050/rrf4	tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 206 total aligned reads displayed.

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512483‑512760

  gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑g                                                                                                                                          >  1:428498/1‑141 (MQ=255)

     cAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGGAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATATTAAAAA‑GTTa                                                                                                                                       <  2:882385/141‑1 (MQ=255)

      gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTAt                                                                                                                                      <  1:10411‑M1/10‑1 (MQ=255)

        tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAAGTTAtt                                                                                                                                     <  2:613591‑M1/12‑1 (MQ=255)

        tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAAGTTAtt                                                                                                                                     <  2:326222‑M1/12‑1 (MQ=255)

          cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGAc                                                                                                                                  <  1:490463/141‑1 (MQ=255)

           catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACt                                                                                                                                 <  1:129510‑M1/15‑1 (MQ=255)

                 gaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATg                                                                                                                           >  1:185030‑M1/121‑141 (MQ=255)

                  aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                          >  1:542552‑M1/120‑141 (MQ=255)

                   acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                         <  2:567473‑M1/23‑1 (MQ=255)

                    aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAACGCCTGTATAGTATTTATTTGTTTAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                        >  2:716452/1‑141 (MQ=255)

                       agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAaatgttgata                                                                                                                     >  1:809803‑M1/115‑137 (MQ=255)

                        gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                    >  1:416657‑M1/114‑141 (MQ=255)

                          agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                                  >  1:739069‑M1/112‑141 (MQ=255)

                           aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                 >  2:846647/1‑141 (MQ=255)

                            ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATg                                                                                                                >  2:534432‑M1/110‑141 (MQ=255)

                             taagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGt                                                                                                               <  2:335741‑M1/33‑1 (MQ=255)

                                tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                            >  2:178506/1‑110 (MQ=255)

                                tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                            >  1:319628/1‑141 (MQ=255)

                                 aCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                           <  2:701255/141‑1 (MQ=255)

                                  cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                          >  2:832675/1‑141 (MQ=255)

                                    gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                        <  1:874604/141‑1 (MQ=255)

                                    gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                        <  2:130996/141‑1 (MQ=255)

                                    cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTCTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                        <  2:226917‑M1/40‑1 (MQ=255)

                                    cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                        >  1:881387‑M1/102‑141 (MQ=255)

                                       agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                     <  2:745636‑M1/43‑1 (MQ=255)

                                         tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                          <  2:443056/118‑1 (MQ=255)

                                         tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                   <  1:91011/141‑1 (MQ=255)

                                         tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                   >  2:199197/1‑141 (MQ=255)

                                         tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                   <  1:1010988/141‑1 (MQ=255)

                                         cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                   <  1:551961‑M1/45‑1 (MQ=255)

                                           tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                 <  2:731553‑M1/47‑1 (MQ=255)

                                           tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                 <  2:520556‑M1/47‑1 (MQ=255)

                                            cgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                >  2:420980‑M1/94‑141 (MQ=255)

                                             gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                               >  1:199251‑M1/93‑141 (MQ=255)

                                              atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                              >  1:766601‑M1/92‑141 (MQ=255)

                                              aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                              >  1:64054/1‑141 (MQ=255)

                                                 gtagtcgaacttacggtccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                           >  2:32284‑M1/89‑141 (MQ=255)

                                                    aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑a                                                                                       >  1:218085/1‑141 (MQ=255)

                                                    aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑a                                                                                       >  2:424655/1‑141 (MQ=255)

                                                     aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                            <  2:989373/120‑1 (MQ=255)

                                                        ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaaaa                                                                                   <  1:6696/141‑1 (MQ=255)

                                                         cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt                                                                                  >  1:536628/1‑141 (MQ=255)

                                                         acttacgtacctctagagtagaacgttgcccaacatttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt                                                                                  >  1:981752‑M1/81‑141 (MQ=255)

                                                             acgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAAc                                                                              <  2:287595‑M1/65‑1 (MQ=255)

                                                              cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACa                                                                             <  1:473885‑M1/66‑1 (MQ=255)

                                                              cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACa                                                                             <  1:158900‑M1/66‑1 (MQ=255)

                                                                 tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                          <  2:482984‑M1/69‑1 (MQ=255)

                                                                 tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                          <  1:380815‑M1/69‑1 (MQ=255)

                                                                   tttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGaa                                                                        >  1:617120/1‑141 (MQ=255)

                                                                       tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACt                                                                    <  1:99483/141‑1 (MQ=255)

                                                                        ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   <  1:351512/141‑1 (MQ=255)

                                                                        gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                       >  1:525310‑M1/66‑88 (MQ=255)

                                                                          gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                 <  1:483138/141‑1 (MQ=255)

                                                                             gaacgttgccaggcaggtttttaatcaaattttggataaaaaacaaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  2:29469‑M1/81‑1 (MQ=255)

                                                                               acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                            <  1:109036‑M1/83‑1 (MQ=255)

                                                                                 gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                          <  2:977280‑M1/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                       <  1:250578/141‑1 (MQ=255)

                                                                                     caaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                      <  1:1007048/141‑1 (MQ=255)

                                                                                      caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     >  1:911769‑M1/52‑141 (MQ=255)

                                                                                        ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                   >  2:10411‑M1/50‑141 (MQ=255)

                                                                                               ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            <  2:18643‑M1/99‑1 (MQ=255)

                                                                                                 ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                          <  2:710738‑M1/101‑1 (MQ=255)

                                                                                                    atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:468933‑M1/38‑141 (MQ=255)

                                                                                                    atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAA‑GTTAATGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAAGAACATTGAAAACTGAAtgacaatatgtcaaaaaaaaaaaaaa                                       >  2:342302‑M1/38‑129 (MQ=255)

                                                                                                     ttttttttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGCCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTATT‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      <  2:964044‑M1/105‑1 (MQ=255)

                                                                                                     aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                  <  1:168667/113‑1 (MQ=255)

                                                                                                     aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                                  >  2:168624/1‑113 (MQ=255)

                                                                                                      ttttttttggttaaaaaatagaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAT‑AAAAATGAACATTGAAAAGTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAaaaa                                     <  2:767878‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                                      caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  1:502666‑M1/100‑1 (MQ=255)

                                                                                                      caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:82348‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                                      caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     <  2:5756‑M1/106‑1 (MQ=255)

                                                                                                      caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGACGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           >  2:502666‑M1/36‑135 (MQ=255)

                                                                                                      aGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     >  1:515834/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                       gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    >  2:646206/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                        aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                   <  2:169125/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                 <  1:404703/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                 <  1:422939/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  1:549451‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                              ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  2:790886‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                              cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  1:646206/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                               ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTGTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTAAAAAAAGTAAGAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  2:85293/141‑1 (MQ=25)

                                                                                                                 taaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                          <  2:893313‑M1/117‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 taaaaaataaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                          <  1:153795‑M1/117‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                          >  2:915635/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  aaaaaataaaaaggaaaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGAAAAAAAAAAAAAACGTAACtata                         >  2:677883‑M1/24‑141 (MQ=255)

                                                                                                                      aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:34648/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         aaaatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                  >  1:569988‑M1/17‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          aCGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                 >  2:747258/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                           cGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  1:725687/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                          <  1:697692‑M1/69‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aatggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                <  2:946824‑M1/127‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aatggaaaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa                >  2:493746‑M1/15‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              ggacaagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGATGATAAAATGTATAATTAATTCGTGGCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat             <  2:410417‑M1/130‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                attaattTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  2:117199/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 caagataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat          <  1:334022‑M1/133‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  taattTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTCAA‑CAACATGAATTTTGTCAACTGAATGACAATATGTCAAAATTAAGTTCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt         <  1:458541/141‑1 (MQ=25)

                                                                                                                                    gataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa       <  1:3645‑M1/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     ataaAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  1:56133‑M1/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      tttAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt     <  2:46230/141‑1 (MQ=255)

GCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAA‑GTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  CP000730/512483‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.