| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1217678 = | 28 (0.810) | 3 (0.100) | 3/234 | 4.8 | 9.9% | intergenic (+7/‑430) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase |
| ? | CP000730 | 1217746 = | 30 (0.990) | intergenic (+75/‑362) | USA300HOU_1144/USA300HOU_1145 | hypothetical protein/possible 3‑demethylubiquinone‑9 3‑methyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/1217832‑1217678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > CP000730/1217746‑1217885 GATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAA > 2:314691/1‑141GATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAA > 1:180911/1‑141 CCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACAC < 1:390532/141‑1 AGTATTACTAATATTAATCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCTGTTAATAAAGTATAAATAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTA < 2:143667/141‑1 GTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTAT > 1:368337/1‑141 GTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTT > 1:116276/1‑141 GTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTT < 1:135034/141‑1 GTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATT < 1:72514/95‑1 GTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATT > 2:72514/1‑95 TTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAGTACTGGAATC > 1:119225/1‑141 CTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGCAATC > 1:380405/1‑141 TATTATATAAAAAATTTATTCACCGATAATTAACTTTTTTAAAATGCAATCAATTAAGAATACGAGTAATATGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > 2:346735/1‑141 GATTCCAGTATTAGTCCTATTACTCGTATTCTTAATTGGTTGGATTTTAATAAAGTTAATTATCCGCTAATAAATTTTTTATATAATAAAAGCTATAGTGTTTGTAATATTCGGATGCGGTTAAGCAGCCCCTGATATTAAACACTATAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/1217832‑1217678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacactatagcttttATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTGTAATCAAAT > CP000730/1217746‑1217885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |