| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2144160 | 1 (0.010) | 40 (0.540) +TGGTTTATCT |
25/250 | 3.6 | 97.7% | coding (484/1254 nt) | sdrH | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein bindin protein SdrH |
| ? | CP000730 | 2144165 = | 1 (0.010) | coding (479/1254 nt) | sdrH | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein bindin protein SdrH | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TCGAGCCACCAGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCG > CP000730/2144022‑2144300 | tCGAGCCACCAGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttg > 1:689886/1‑139 (MQ=255)tCGAGCCACCAGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGAACTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGTATCCGGATTTGGCtttg > 2:350190/1‑139 (MQ=255) cGAGCCACCAGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTATTCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttgg < 1:16631/141‑4 (MQ=255) gagcttctaGAATGATTGGCATCCCCAGGTTGATCGGGCTCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggt > 2:317980/9‑137 (MQ=21) caccaGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttat < 1:179796/141‑9 (MQ=255) ccaGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatct > 1:874652/1‑131 (MQ=255) aGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatctgg < 1:533879/141‑13 (MQ=255) aGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatctgg < 1:518523/141‑13 (MQ=255) gAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatctggg > 1:701333/1‑128 (MQ=255) gAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatctggg < 1:647223/141‑14 (MQ=255) gAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGCATTTTTCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCtttggtttatctggg < 1:16887/141‑14 (MQ=21) cgACGGGTTAGGATTTGGCTCATTAGGGCCTGGTTTTGGCTTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATAAGGATTTGGATTCGGGTTata > 2:774597/2‑140 (MQ=11) gACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCttt < 1:468224/93‑2 (MQ=255) gACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCttt > 2:468224/1‑92 (MQ=255) ggtgacgggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTa > 1:326333/13‑141 (MQ=11) gacgggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTTGGGTTatct > 2:809507/10‑141 (MQ=14) cgggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgg > 1:168999/8‑141 (MQ=14) gggttaggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctgga < 2:546520/135‑1 (MQ=14) aggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTatctggatctgg > 1:302086/2‑141 (MQ=14) ggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGt < 2:112535/141‑1 (MQ=14) ggATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGt < 2:722002/141‑1 (MQ=14) tttGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTa < 1:146674/141‑1 (MQ=14) ggCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGa > 1:110015/1‑141 (MQ=17) t‑‑‑atca‑‑‑GGGCCTGGCTTTGGCTTCGGATTTGGCGTTGGTTTATCTGGATTCGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTCGGTTTATCTGGGGCTGGGTTTGGATCCGGTGTTGGTTGCGGGTTATCTGGACCTGGTTTTGGATTCg > 2:744337/1‑141 (MQ=9) | TCGAGCCACCAGAATGATTGGAATCCCCAGGTTGATCGGGATCTGGTGACGGGTTAGGATTTGGCTTATTAGGGTCTGGTTTTGGATTCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTT‑‑‑ATTA‑‑‑GGGTCTGGTTTTGGATCTGGATTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTTGGATCCGGATTTGGCTTTGGTTTATCTGGGTCTGGTTTTGGATCCGGTTTTGGTTTCGGGTTATCTGGATCTGGTTTAGGATTCG > CP000730/2144022‑2144300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |