| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 920390 | 76 (0.860) | 4 (0.050) | 4/230 | NT | 5.9% | coding (39/135 nt) | USA300HOU_0880 | hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 920428 | 60 (0.760) | coding (1/135 nt) | USA300HOU_0880 | hypothetical protein | |||||
GCAGCAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/920237‑920390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcaatccacaaaaATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTCGCG < CP000730/920428‑920289 GCAGCAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAACCCATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC < 1:846162/141‑1GCAGCAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATAAAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACC > 1:642217/1‑141 CAGCAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCG > 2:945125/1‑141 CAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAA < 1:508621/141‑1 CAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAA < 1:131789/141‑1 AAACATCAGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAAGCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGGCCGCAAT < 2:770122/141‑1 TGGACAAAGCCCTCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCAC‑AAAAGCACAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGG < 2:575599/141‑1 ACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCACCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGAACTAATTTCGTGTTTGGGGGTG < 2:1017962/141‑1 GCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGT < 1:383829/141‑1 GCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATAAAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTT < 2:642217/141‑1 gagaaggtCAATCCACAAAGATGGCAAGCGCTAAAATAATGTTTGGGGGTTCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGA < 2:578717/133‑1 ATCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTG < 1:802492/141‑1 TCCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGC < 2:325311/141‑1 CCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCT > 2:288488/1‑141 CCACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCT < 1:669049/141‑1 CACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTA < 2:123854/141‑1 ACAAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAG < 2:937869/141‑1 AAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTC < 2:888525/141‑1 AAAAATGGCAAGCACTAAAATAATGTCTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGTGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTC < 2:862294/141‑1 AAATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTCGC > 1:618094/1‑141 AATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTCGCG < 1:1682/141‑1 AATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTCGCG < 2:986235/141‑1 GCAGCAAACATCGGCGACAAAGAGTTAATACATATGTGGAGTGGACAAAGCCCGCGACTAGCAACAACGCATCCCGCCAACACCATCATGTCCAATATAATCAATCAAATTAATCAAATCATGCAATATAAATAATCGACCGCAATCCACAAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/920237‑920390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcaatccacaaaaATGGCAAGCACTAAAATAATGTTTGGGGGTGCTTGTGCTTTTGTGGATTGCGGTCGATTATTTATATTGCATGATTTGATTAATTTGATTGATTATATTGGACATGATGGTGTTGGCGGGATGCGTTGTTGCTAGTCGCG < CP000730/920428‑920289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |