| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2661788 = | 88 (0.990) | 5 (0.060) | 5/226 | NT | 6.8% | intergenic (‑181/‑140) | USA300HOU_2514/USA300HOU_2515 | HAD superfamily hydrolase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| ? | CP000730 | 2661832 = | 60 (0.770) | intergenic (‑225/‑96) | USA300HOU_2514/USA300HOU_2515 | HAD superfamily hydrolase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC > CP000730/2661832‑2661967 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA < 1:849555/141‑1 gttgtgTAGTTGCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 2:314209/135‑1 GTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA > 1:727945/1‑141 TATTTAGTTTCATTTATACAACTCCTATTTATAAAGTGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT < 2:807743/141‑1 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT > 1:1026522/1‑141 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT > 1:908243/1‑141 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA > 2:117663/1‑141 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA < 1:400948/141‑1 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA < 1:588892/141‑1 TTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATAT > 1:516993/1‑141 GTTTCATGTCTACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTG > 1:954661/1‑141 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG < 1:881081/141‑1 TAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAGATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATAATAATTTATAACATCTAT > 1:14781/1‑141 TAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTAT > 2:14781/1‑141 TAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTA > 1:824359/1‑141 GTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATA > 1:994147/1‑141 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACT > 1:687767/1‑141 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGT > 1:818161/1‑141 AATATATTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCTGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:902037/141‑1 AATATAGTGTTATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:293878/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:478431/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA > 2:507739/1‑141 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA < 1:653186/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACGAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA > 1:945347/1‑141 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACAGCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAGAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATTAAACTAAATATCTATTCTTTAAAAGTTAAA < 2:862150/141‑1 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACA > 2:402531/1‑141 TGATATAGTAATTTATAACATCGATTCATCATGTGAAAGAATTATTATAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTATATTACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAta < 2:952977/141‑3 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:588892/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:431410/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:504555/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 1:615036/141‑1 GATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC < 1:185842/141‑1 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC > CP000730/2661832‑2661967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |