| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| ? | CP000730 | = 760055 | 74 (0.940) | intergenic (+29/+98) | cydC/USA300HOU_0709 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein/possible MarR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATG > CP000730/759901‑760178 | aCTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATa > 1:1000515/1‑141 (MQ=255) tttATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAgg < 1:541282/141‑1 (MQ=255) tATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCt > 1:841419/1‑141 (MQ=255) ttGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTaa > 1:53809/1‑141 (MQ=255) tGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 2:730634/141‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 2:1059351/141‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 1:845757/141‑1 (MQ=255) ggTCACGTTTTTAGACAACGTTTGTGATGTTAAATGGTAAAATAGTTGCAAAGGGAGACCATCAACAATGACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATAGGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 1:263480/140‑1 (MQ=255) ccacattgagagaCCATCATTATAATGAAAACTGGTAGAATAGGTGAAAAGGGCAACTATGAACAAATACTAGAGAACCGAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAAAAAAATAAAAAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGaa < 2:543501/132‑1 (MQ=255) aCGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAAc > 2:540674/1‑141 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gaCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaagc < 2:26619‑M1/141‑23 (MQ=255) gaCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagc < 2:957298‑M2/141‑7 (MQ=255) aCCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaagca < 1:1011052‑M1/141‑24 (MQ=255) ccATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaagcag < 2:994756‑M1/141‑25 (MQ=255) ccATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcag < 1:356910‑M2/141‑9 (MQ=255) atTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagttttt > 2:759807‑M2/1‑128 (MQ=255) atTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagttttt < 1:80669‑M2/141‑14 (MQ=255) tgtgATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaa < 1:758799‑M1/130‑21 (MQ=255) tgtgATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaa > 2:758799‑M1/1‑110 (MQ=255) gatgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 1:374227/1‑141 (MQ=255) atgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaacta < 2:459530/141‑1 (MQ=255) atgatAAATGGT‑AAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaactaa 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tAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcg < 1:515388/141‑1 (MQ=255) tAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAtcaagcagtttttttatgcattatattgaa > 1:114827‑M2/1‑111 (MQ=255) aaaaTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcgc > 2:150329/1‑141 (MQ=255) aTAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTg > 1:980193/1‑141 (MQ=255) tAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGc > 1:649451/1‑141 (MQ=255) gTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa < 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tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc < 1:818503/141‑1 (MQ=255) tATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc > 2:254935/1‑141 (MQ=255) caacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTta > 2:395081/1‑141 (MQ=255) aacaaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaa < 1:727077/141‑1 (MQ=255) aaTTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaataa < 1:385743/141‑1 (MQ=255) ttACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAt < 1:363937/141‑1 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gCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTATTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtgatca > 2:168617/1‑141 (MQ=255) gCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtcatca > 2:532121/1‑141 (MQ=255) cTTGAaaggtttcttagcctatcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggtct > 2:587247‑M1/1‑5 (MQ=255) cTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCaa > 1:451327/1‑141 (MQ=255) ttGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggtctc < 2:192858‑M2/141‑122 (MQ=255) ttGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcaca > 2:758799‑M2/1‑20 (MQ=255) gAaaggtttcttagcctatcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcccaatgatggtctcaa < 2:209314‑M1/141‑140 (MQ=255) | ACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATG > CP000730/759901‑760178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |