| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2336425 = | 69 (0.780) | 8 (0.100) | 8/236 | NT | 12.0% | intergenic (‑145/+75) | USA300HOU_2192/npdA | hypothetical protein/possible aldo/keto reductase |
| ? | CP000730 | 2336465 = | 54 (0.670) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_2192/npdA | hypothetical protein/possible aldo/keto reductase | |||||
CACCTGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAA > CP000730/2336286‑2336562 | gataaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacact < 2:674716‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacact < 2:410258‑M1/1‑1 (MQ=255)cACCTGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATa > 2:723574/1‑141 (MQ=255)cACCTGCTATAAAACTTA‑TACATAAGTCAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATa > 2:545987/1‑141 (MQ=255)aataaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacact > 2:824748‑M1/141‑141 (MQ=255) taaacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTaa < 1:199405‑M1/3‑1 (MQ=255) ccTGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAAc > 2:182290/1‑141 (MQ=255) tGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAATATTATAAAATAACCt > 2:847968/1‑141 (MQ=255) tGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCt > 1:146227/1‑141 (MQ=255) aacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAcc < 1:581929‑M1/5‑1 (MQ=255) aacaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAAcc > 1:220262‑M1/137‑141 (MQ=255) acaacaaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCt > 1:661737‑M1/136‑141 (MQ=255) caaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 1:1087025‑M1/10‑1 (MQ=255) caaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGaaa < 2:502714‑M1/10‑1 (MQ=255) aaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAAc < 2:427276‑M1/11‑1 (MQ=255) aaattgcgacattagaagaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcaattacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAAc > 1:758839‑M1/131‑141 (MQ=255) aCAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACa < 2:214306/141‑1 (MQ=255) cAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACAt < 1:340168/141‑1 (MQ=255) aaCTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATa > 2:684139/1‑141 (MQ=255) aaCTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATa < 1:731580/141‑1 (MQ=255) ttaAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACttt < 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agaaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATcc > 2:419023‑M1/115‑141 (MQ=255) aaagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCaa > 2:738899‑M1/113‑141 (MQ=255) aattCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCaaa > 1:184280/1‑140 (MQ=255) aattCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAg > 1:943846/1‑141 (MQ=255) aagtaatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAg > 1:837291‑M1/112‑141 (MQ=255) attCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGt > 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aatagccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTc > 2:464790‑M1/108‑141 (MQ=255) aGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAgg > 2:771306/1‑141 (MQ=255) aGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAgg > 1:198068/1‑141 (MQ=255) gccaatttttctcacatgctgatccagagatgattaaagcacttacaagcagagaattagatgtttaatcataatataacaaagtaaatcatttacattacacTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGt > 1:962430‑M1/104‑141 (MQ=255) ttaattaTCCAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAgtgt > 1:665206/1‑141 (MQ=255) taattaTCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgta > 1:305418/1‑141 (MQ=255) taattaTCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGtgta > 1:500936/1‑141 (MQ=255) cTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTaaa > 1:696467/1‑141 (MQ=255) cTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTaaa > 1:696570/1‑141 (MQ=255) tAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAAt < 2:658825/141‑1 (MQ=255) aTTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGa > 1:336598/1‑141 (MQ=255) 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2:899495/140‑1 (MQ=255) atAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgag < 2:630753/140‑1 (MQ=255) tttttaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAGATGATTTACTTTGTTATTTTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgaga > 2:577128/6‑141 (MQ=255) tAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTgaga > 1:156153/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaa > 1:71086/1‑141 (MQ=255) cacTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaaaa < 2:199405‑M1/138‑1 (MQ=255) aaaTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGaaaaa > 1:236370/1‑141 (MQ=255) | CACCTGCTATACAACTTATTAAATAA‑TTAATTCCAAGACATATTAATTATCTAATTATAACCTTAGTTACGTTATTACATAATATAAAAATATATAATAACTTATTTGCTTGCTCCTTTCACTTTTTAAGAGTAAAAAATAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAA > CP000730/2336286‑2336562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |