| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000730 | 2519257 = | 106 (1.200) | 3 (0.040) | 3/246 | NT | 2.9% | coding (1375/3690 nt) | narG | nitrate reductase alpha subunit |
| ? | CP000730 | 2519287 = | 98 (1.160) | coding (1345/3690 nt) | narG | nitrate reductase alpha subunit | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GACAACACTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGTCATTGATAAT > CP000730/2519117‑2519396 | gACAACACTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGt < 2:149333/141‑1 (MQ=255)aacagaagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttt < 1:338655‑M1/1‑1 (MQ=255) acagaagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttTa > 2:239811‑M1/140‑141 (MQ=255) agaagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttTAGc > 2:897913‑M1/138‑141 (MQ=255) aacaCTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGc > 1:545392/1‑141 (MQ=255) aacaCTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGc > 2:881783/1‑141 (MQ=255) aacaCTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGc < 1:401167/141‑1 (MQ=255) gaagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttTAGCa > 1:419833‑M1/137‑141 (MQ=255) acacTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCa > 1:165597/1‑141 (MQ=255) cacTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCaa > 1:631403/1‑141 (MQ=255) cacTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCaa > 1:312089/1‑141 (MQ=255) atgatggttcgaaagttaaccgtgcattgtcagtgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggctattcaatcgtccaattccaactcggcaagtcacttTAGCaa > 2:51651‑M1/136‑141 (MQ=255) aagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttTAGCaa > 2:649695‑M1/136‑141 (MQ=255) aagatggttctaaaattaaccctacattatcaatgacagaaggtggatacgaattagaaacaattcaattcccatactttgatagtgatggagatgggatattcaatcgtccaattccaactcgacaagtcacttTAGCaa < 2:115343‑M1/6‑1 (MQ=255) ccTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAAt < 1:360914/140‑1 (MQ=255) acTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAAt < 1:1002213/141‑1 (MQ=255) acTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGACAAGCAGGTGTATAATTTACTTCAACATAATCGAAACCTGTTGTTACTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAAt < 1:102365/141‑1 (MQ=255) tttGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATAc > 2:305532/1‑141 (MQ=255) tGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACgg < 1:580121/141‑1 (MQ=255) tGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACgg > 1:987775/1‑141 (MQ=255) cGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGt < 2:757428/141‑1 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aaGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACtt < 1:741646/141‑1 (MQ=255) aGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTg > 1:391823/1‑141 (MQ=255) aGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTg < 1:399535/141‑1 (MQ=255) ggTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGa < 2:514275/141‑1 (MQ=255) gtgtATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAACCGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAg > 2:84825/1‑141 (MQ=255) gtgtATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAg > 1:973834/1‑141 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2:473160/141‑1 (MQ=255) gcacgcCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGaattgaattg < 1:76864/141‑1 (MQ=255) cacgcCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGt < 2:903076/141‑1 (MQ=255) cgcCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGttt < 1:63939/141‑1 (MQ=255) atTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAAtt > 1:50354/1‑141 (MQ=255) tGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCg > 2:93927/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCt < 1:409849/141‑1 (MQ=255) ttAAGTCAAAAATTGTAGCAATACAGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCtt < 2:757796/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTc < 1:504131/141‑1 (MQ=255) tAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTc < 2:876765/141‑1 (MQ=255) aaGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCt > 1:559126/1‑141 (MQ=255) aGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTg > 2:150807/1‑141 (MQ=255) gTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCTCAGCTCCTTCTCTATCTAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTgc < 2:974109/141‑2 (MQ=255) cAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGTCa > 2:876435/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGTCAtt > 2:338655/1‑141 (MQ=255) aaTTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGTCATTGa < 1:75345/141‑1 (MQ=255) gTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGCCATTGATAAt > 1:751963/1‑141 (MQ=255) | GACAACACTTTGTTTTACGCCTGAAATGGCTTCTTGCCAAGCAGGTGTATATTTTGATTCTGCATCGTCGTATCCTTTTGATTCTAATTTATGATCAAAACGACGCACGCCATATTGACTTGCCATTAAGTCAAAAATTGTAGCAATACGGACTTTGTCACCATTTGCTAAAGTGACTTGTCGAGTTGGAATTGGACGATTGAATATCCCATCTCCATCACTATCAAAGTATGGGAATTGAATTGTTTCTAATTCGTATCCACCTTCTGTCATTGATAAT > CP000730/2519117‑2519396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |