| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1994322 = | NA (NA) | 3 (0.040) | 3/246 | NT | 25.9% | intergenic (‑429/‑64) | USA300HOU_1854/USA300HOU_1855 | hypothetical protein/IS1181 transposase |
| ? | CP000730 | 1994387 = | 9 (0.100) | coding (2/1362 nt) | USA300HOU_1855 | IS1181 transposase | |||||
CAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTAATGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTATT > CP000730/1994248‑1994527 | gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg < 2:808189‑M2/2‑1 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg > 1:998191‑M2/140‑141 (MQ=255)gacgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttg < 1:602276‑M2/2‑1 (MQ=255)cAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTAtg > 1:967466/1‑141 (MQ=255) acgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgt > 2:867789‑M2/139‑141 (MQ=255) cgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgtg < 1:987152‑M2/4‑1 (MQ=255) cgtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttgtg < 2:8055‑M2/4‑1 (MQ=255) gtcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTgtgt < 1:636669‑M2/5‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa > 1:547093‑M2/136‑141 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 2:798846‑M2/6‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 1:222681‑M2/6‑1 (MQ=255) tcaatttcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTa < 2:498048‑M2/6‑1 (MQ=255) aaaaGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTa > 2:41768/1‑141 (MQ=40) agaagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATg > 2:961771/1‑141 (MQ=38) aagTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGAt > 1:26227/1‑141 (MQ=35) tcttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttttaatacacaa < 1:808963‑M2/12‑12 (MQ=255) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:1082941/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:713446/1‑141 (MQ=35) agTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATa > 2:283503/1‑141 (MQ=35) ttggtttatatattttatattttcatcttttattcttagtaattctaaggtatcattacacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgctttttttaatacacaaaa < 2:54598‑M2/14‑14 (MQ=255) tAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCt > 2:938855/1‑141 (MQ=32) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCttca > 2:991451/1‑139 (MQ=14) aCAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAg < 2:707869/141‑1 (MQ=31) acacataggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGAc > 1:10799‑M2/71‑141 (MQ=255) ggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGaa < 1:337102‑M2/65‑1 (MQ=255) ggcgcacttgtctcctttagtttgggtttggtcactttaaattatagaggcaattgcgcttttTGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGaa > 2:337102‑M2/64‑128 (MQ=255) TGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTACTGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTAtt > 2:949203‑M2/1‑141 (MQ=255) | CAAAAAAAGAAGTTAAACAGGTTCTTCATCTTTTATGGTGGGAAGGTAAAACTTCCTGCTTTTTTTAATACACAAAAAGCGCAATTGCCTCTATAATTTAAAGTGACCAAACCCAAACTAAAGGAGACAAGTGCGCCTATGTGTAATGATACCTTAGAATTACTAAGAATAAAAGATGAAAATATAAAATATATAAACCAAGAAATTGACGTCATTATCAAAGGAAAAAAAGCAACAGTGGTTAATGCTGTACTAACGTATAAGCCTTCGGCCTGTTATT > CP000730/1994248‑1994527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |