| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 475,163 | C→T | 6.1% | D159D (GAC→GAT) | cobW1 → | cobalamin (vitamin B12) biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 475,163 | 0 | C | T | 6.1% | 310.4 / 6.1 | 99 | D159D (GAC→GAT) | cobW1 | cobalamin (vitamin B12) biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/37); new base T (2/4); total (57/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TATTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGA > CP000730/475028‑475302 | tatTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAAc > 1:985041/1‑141 (MQ=255) gatgatgaACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGAt > 1:732276/1‑141 (MQ=255) tgatgaACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCTTGTAGAGACAAGGGTGACAGAGGTGGATGCTAACTGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGAGTTATTGATTTATCGGGATCAATGCGTGGACGAAACAGATGa > 2:542382/1‑141 (MQ=255) tgatgaACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGa > 1:202814/1‑141 (MQ=255) 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2:988133/1‑141 (MQ=255) aTTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCt > 2:494593/1‑141 (MQ=255) ttGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTg > 1:1033613/1‑141 (MQ=255) tGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGa < 1:991351/141‑1 (MQ=255) gATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGAt > 2:975175/1‑141 (MQ=255) tCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGAttt > 2:867011/1‑141 (MQ=255) 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1:807740/1‑141 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGa > 2:9285/1‑141 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGa > 1:621253/1‑141 (MQ=255) aCGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATATATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGAGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATATTAAGCGCATTGCAACCGa > 2:702094/1‑141 (MQ=255) | TATTGATGATGAACTTGGCATTGATCTTACAGCGATTTGCCGTTTAGATACAATGGTTACAGTTGTGGATGCTAACCGCTTCGTACATGACATCAACTCAGAAGATTTATTGATGGATCGTGATCAAAGCGTTGACGAAACAGATGAGCGTTCGATTGCTGATTTATTAATTGACCAAGTTGAATTTTGTGATGTATTGATTATTAATAAAATTGATTTAATTAGTGAAGAAGAACTAGCGAAGTTAGAAAAAATGTTAAGCGCATTGCAACCGA > CP000730/475028‑475302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |