| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 491,332 | T→A | 7.3% | intergenic (+90/‑242) | metQ → / → sle1 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/possible LysM family autolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 491,332 | 0 | T | A | 7.3% | 317.6 / 12.3 | 107 | intergenic (+90/‑242) | metQ/sle1 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/possible LysM family autolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/49); new base A (5/3); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGTC > CP000730/491193‑491468 | aTTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAtt < 2:964616/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAAt < 2:940976/141‑1 (MQ=255) cTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTTGACAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGAATGTAAtt > 2:409234/1‑140 (MQ=255) cTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATc < 1:61154/141‑1 (MQ=255) 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ATTTATCTAAAGATGAGATTAAGGCAATAGAAACGTCATTAGCAAAATAAATTATATTGCGTCCTACAAGCAAAGTTCATGCTTATGTTTGTAGGGCGTTATTGTTGGAGAATAAAATTATTTCCAATAGAGAAAGGGATTGTAATCATTTTATAGTGAAATATTATGAAATTGTAATAATTTAGATATTGTAAAATCTAATAAGTTGTAATAATTTTAAGGGGTAATTATAAAATTTGATGATACAGTATATGATTTTTTTGTAATCATAATGTC > CP000730/491193‑491468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |