| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 615,441 | C→G | 5.0% | A181A (GCC→GCG) | sdrD → | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 615,441 | 0 | C | G | 5.0% | 333.3 / 9.0 | 100 | A181A (GCC→GCG) | sdrD | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/50); new base G (2/3); total (47/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCTTCACCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTT > CP000730/615301‑615580 | gCTTCACCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGcc < 2:764673/141‑1 (MQ=255)gCTTCACCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGcc < 1:941510/141‑1 (MQ=255) cTTCACCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCa < 1:266018/141‑1 (MQ=255) cACCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCaaaa < 2:25363/141‑1 (MQ=255) aCCAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAAc < 2:969068/141‑1 (MQ=255) aCCAAAATCGACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAAGCAGTGGTAAATGTTCAACCAACAAATAAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAAc < 2:969028/141‑1 (MQ=255) ccAAAATCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACt > 2:1035441/1‑141 (MQ=255) aaTCTACGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGGGTTACAACCTGATTTGCTAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCGAAAACTGAAt < 1:574366/141‑1 (MQ=255) aCGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACt > 1:204574/1‑141 (MQ=255) cGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTTTAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTa > 2:1053148/1‑141 (MQ=255) cGAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTa > 1:694889/1‑141 (MQ=255) gAATGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTAc < 1:220838/141‑1 (MQ=255) aaaTGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTACTGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTAc < 1:935810/140‑1 (MQ=255) aTGAAGATTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATAAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAAGCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACAt < 1:712544/141‑1 (MQ=255) agacctAAACATTACACCAAATAAAAGTAAAAAAGCCGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGAAAAAGATCAAACAAACATAGCGGAAAAATAACAGGTAGATGCCAAAACTGCATCAACTTCATTaaa < 2:377281/136‑1 (MQ=255) aTTTAAACACTAAACAAACTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATg > 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(MQ=255) aaacTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTa > 2:212200/1‑141 (MQ=255) aacTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTAt < 2:176317/141‑1 (MQ=255) aacAATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTAt < 2:176312/141‑1 (MQ=255) cTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCa < 1:474092/141‑1 (MQ=255) cTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCa > 2:502084/1‑141 (MQ=255) cTATAAGTAATCAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCa < 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ccTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGAt > 1:216530/1‑141 (MQ=255) agagAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTaa > 1:169811/1‑141 (MQ=255) agaATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAAtt > 2:11049/1‑141 (MQ=255) gaATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTc < 1:821970/141‑1 (MQ=255) aaTAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGGAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCa > 1:785794/1‑141 (MQ=255) aTCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAAGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAaataa < 2:30881/141‑1 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CP000730/615301‑615580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |