| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 615,494 | A→C | 5.3% | D199A (GAT→GCT) | sdrD → | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 615,494 | 0 | A | C | 5.3% | 296.4 / 8.9 | 95 | D199A (GAT→GCT) | sdrD | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/46); new base C (2/3); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
CAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTAAAA > CP000730/615355‑615634 | cAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAatgat < 2:477196/141‑1 (MQ=255) gaagCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGaa < 1:361994/141‑1 (MQ=255) gaagCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGaa < 1:310732/141‑1 (MQ=255) agCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAAc < 2:154776/141‑1 (MQ=255) agCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAAc > 1:74092/1‑141 (MQ=255) gCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAAct > 1:1061224/1‑141 (MQ=255) cGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAActc > 1:930044/1‑141 (MQ=255) tACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCttg > 1:534065/1‑141 (MQ=255) cAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAAAGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAANTCttgtt > 2:813594/1‑141 (MQ=255) ccTGATTTGCTAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCGAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGCTGaaa < 1:607456/130‑1 (MQ=255) ccTGATTTGCTAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCGAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGCTGaaa > 2:607456/1‑130 (MQ=255) ccTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGaa > 2:648828/1‑140 (MQ=255) ccTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGAt > 1:216530/1‑141 (MQ=255) agagAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTaa > 1:169811/1‑141 (MQ=255) agaATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAAtt > 2:11049/1‑141 (MQ=255) gaATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTc < 1:821970/141‑1 (MQ=255) 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2:852254/1‑141 (MQ=255) tGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGc > 2:780636/1‑141 (MQ=255) tCAACCAACAAATGAGAAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGa < 2:245688/141‑1 (MQ=255) caaccaacTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGat < 1:703840/141‑1 (MQ=255) accaacTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCGAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGCTGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGatat < 2:769653/141‑1 (MQ=255) ccaacTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATc < 1:136170/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACagag < 2:113875/141‑1 (MQ=255) agTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACagag < 1:183672/141‑1 (MQ=255) tAATGATGAAACGCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGc < 2:449186/141‑1 (MQ=255) aaTGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCt > 1:438285/1‑141 (MQ=255) aaTGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCt < 1:177691/141‑1 (MQ=255) aaTGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCt > 1:40920/1‑141 (MQ=255) atgatgAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTa > 1:242912/1‑141 (MQ=255) atgatgAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTa > 1:540994/1‑141 (MQ=255) gatgaAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTaaa < 2:165276/141‑1 (MQ=255) atgaAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATAAAAAAAAGAAAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTaaaa < 2:759466/141‑1 (MQ=255) | CAAGAAGCGTTACAACCTGATTTGCAAGAGAATAAATCAGTGGTAAATGTTCAACCAACTAATGAGGAAAACAAAAAGGTAGATGCCAAAACTGAATCAACTACATTAAATGTTAAAAGTGATGCTATCAAGAGTAATGATGAAACTCTTGTTGATAACAATAGTAATTCAAATAATGAAAATAATGCAGATATCATTTTGCCAAAAAGTACAGCACCTAAACGTTTGAATACAAGAATGCGTATAGCAGCAGTACAGCCATCATCAACAGAGGCTAAAA > CP000730/615355‑615634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |