| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 696,932 | T→A | 5.4% | G300G (GGT→GGA) | mnhA1 → | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 696,932 | 0 | T | A | 5.4% | 261.4 / 4.3 | 86 | G300G (GGT→GGA) | mnhA1 | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/41); new base A (3/2); total (43/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAAT > CP000730/696792‑697072 | aaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGt > 1:269464/1‑141 (MQ=255)aaaGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGt > 1:1061126/1‑141 (MQ=255) gCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATc < 1:503767/141‑1 (MQ=255) tGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCt > 2:680981/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gggATTTAAAAGGTAGCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACGCCAACATGGCGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcgc < 2:209791/141‑1 (MQ=255) ggATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCt < 2:32194/141‑1 (MQ=255) gATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTa > 1:269434/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTAt > 2:234547/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTAt > 1:347279/1‑141 (MQ=255) tAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTc < 1:378934/141‑1 (MQ=255) aaaGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCAt < 2:178637/141‑1 (MQ=255) ggTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGCATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTa > 1:948642/1‑141 (MQ=255) gTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTTGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTaa < 1:60361/141‑1 (MQ=255) gTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTaa > 1:626406/1‑141 (MQ=255) tATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAAt < 2:491616/141‑1 (MQ=255) | AAAGCTGGTATCTTTTTATTACTTCGATTTACACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAAT > CP000730/696792‑697072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |