| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 792,603 | C→T | 5.0% | N543N (AAC→AAT) | ltaS → | possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 792,603 | 0 | C | T | 5.0% | 317.4 / 3.9 | 99 | N543N (AAC→AAT) | ltaS | possible phosphatidylglycerol‑‑membrane‑oligosaccharide glycerophosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/48); new base T (2/3); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
CGGCTAAATTTACAGATTTAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGATTTATTCTCTAAAGGTCATAATCAAGTAGTTCCATTCAGAAATGGTGACTTTATAACAAAAGATTATAAATATGTTAATGGTAAGATTTATTCTAATAAAAATAATGAACTCATAA > CP000730/792464‑792739 | cGGCTAAATTTACAGATTTAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACt < 1:239727/141‑1 (MQ=255) tAAATTTACAGATTTAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTAttt < 2:1028671/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAGATTTAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTa < 1:114421/141‑1 (MQ=255) aaTTTACAGATTTAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGGTGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTaa < 1:247533/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAACAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTg < 1:813889/141‑1 (MQ=255) aaCAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGAt > 1:717804/1‑141 (MQ=255) aCAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGAtt > 1:578767/1‑141 (MQ=255) cAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGAttt < 2:529884/141‑1 (MQ=255) cAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGAttt < 2:42496/141‑1 (MQ=255) cAGAACTGGTTTCTGGATTAAAATCCCTGGTAAATCTGGTGGTATCAATAATGAATATGCTGGTCAAGTCGATGTAATGCCAACAATTTTACATTTGGCTGGTATAGATACGAAGAACTATTTAATGTTCGGTACTGAttt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |