| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 841,492 | T→G | 7.3% | G575G (GGT→GGG) | uvrA → | excision endonuclease subunit UvrA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 841,492 | 0 | T | G | 7.3% | 294.8 / 11.2 | 103 | G575G (GGT→GGG) | uvrA | excision endonuclease subunit UvrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/48); new base G (2/6); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATACACTTAAAGAAATGAGAGATTTAGGAAATACTTTAATTGTAGTTGAACACGATGATGATACAATGCGTGCGGCTGATTACTTAGTGGATATAGGTCCTGGTGCTGGTGAACATGGAGGGCAGATTGTGTCTAGTGGTACTCCTCAAAAGGTAATGAAAGATAAAAAATCATTAACAGGACAATACTTGAGTGGTAAGAAACGTATTGAAGTACCTGAATATCGCAGACCGGCTTCAGATCGTAAAATTTCTATACGTGGAGCTAGAAGCAACAA > CP000730/841353‑841629 | atACACTTAAAGAAATGAGAGATTTAGGAAATACTTTAATTGTAGTTGAACACGATGATGATACAATGCGTGCGGCTGATTACTTAGTGGATATAGGTCCTGGTGCTGGTGAACATGGAGGGCAGATTGTGTCTAGTGGTa < 1:1086292/141‑1 (MQ=255)atACACTTAAAGAAATGAGAGATTTAGGAAATACTTTAATTGTAGTTGAACACGATGATGATACAATGCGTGCGGCTGATTACTTAGTGGATATAGGTCCTGGTGCTGGTGAACATGGAGGGCAGATTGTGTCTAGTGGTa < 1:1086479/141‑1 (MQ=255) cacTTAAAGAAATGAGAGATTTAGGAAATACTTTAATTGTAGTTGAACACGATGATGATACAATGCGTGCGGCTGATTACTTAGTGGATATAGGTCCTGGTGCTGGTGAACATGGAGGGCAGATTGTGTCTAGTGGTActc < 2:592134/141‑1 (MQ=255) cTTAAAGAAATGAGAGATTTAGGAAATACTTTAATTGTAGTTGAACACGATGATGATACAATGCGTGCGGCTGATTACATAGTGGATATAGGTCCTGGTGCTGGTGAACATGGAGGGCAGATTGTGTCTAGTGGTActcct > 2:575813/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |