| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,072,831 | A→T | 6.2% | G121G (GGT→GGA) | folD ← | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP(+))/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,072,831 | 0 | A | T | 6.2% | 276.6 / 7.4 | 92 | G121G (GGT→GGA) | folD | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP(+))/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/60); new base T (2/4); total (28/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TGACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATACTTCTTCTTC > CP000730/1072691‑1072971 | tGACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGaaaa > 1:424858/1‑141 (MQ=255) gACTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAAc > 1:389112/1‑141 (MQ=255) cTTCGTCCAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCg < 1:854106/141‑1 (MQ=255) ccAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCcaca < 1:203168/141‑1 (MQ=255) cAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACAt < 1:174415/141‑1 (MQ=255) cAATTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACAt > 2:568410/1‑141 (MQ=255) aTTACAACTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCt < 1:522414/141‑1 (MQ=255) aCTGCATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCa < 1:153415/141‑1 (MQ=255) tGCATTTTTAGCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAATCCGTCCACATCTTTTTCAgg < 2:510194/141‑1 (MQ=255) cATTTTTACCTTCTAAATCAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGgat > 1:104950/1‑141 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cAATATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATAttt < 2:446997/141‑1 (MQ=255) aaTATCAGCATTTTTTAATATTTCCTTGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTATGTTCATCGCTATATAATTTCCCTATATTTATTTGATGAAGACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATAtttt < 2:352471/141‑1 (MQ=255) aaTATCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATAtttt > 1:774106/1‑141 (MQ=255) tatCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCt < 2:380044/141‑1 (MQ=255) atCAGCATGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTg < 1:1036110/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTAATATTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCt < 1:823270/141‑1 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tatTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGttt < 2:745533/141‑1 (MQ=255) atTTCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGtttt > 1:266483/1‑141 (MQ=255) tttCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTg < 2:844412/141‑1 (MQ=255) ttCCATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTgg > 2:50316/1‑141 (MQ=255) cATGATGCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTaa > 1:171170/1‑141 (MQ=255) gatgCCGAGCGGTGTGCAAGGTACAAAAGTTTGTTCATCGATATATAATTTCCCTATATTTATTGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATgg < 1:316570/141‑1 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ttGGATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATa > 2:348937/1‑141 (MQ=255) ggATGAATACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATAct < 2:1085670/141‑1 (MQ=255) ggATGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATAct < 1:448897/141‑1 (MQ=255) aTGAAAACCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATActtc < 1:236761/141‑1 (MQ=255) aaaaCCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATActtcttc > 2:111077/1‑141 (MQ=255) aaCCGTCCACATCTTTTTCAGGATTGATTGCTTCTAATATTTTCTGTTCGCTAACTTGTTTTGGTAATGGTACTTGTACCAAAATACCACTTACAGAATCATCATTATTTAGTCTATTTAGTTCGTTTAATActtcttctt > 1:184017/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |