| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,315,762 | A→C | 7.9% | A348A (GCA→GCC) | porA → | ferredoxin dehydrogenase alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,315,762 | 0 | A | C | 7.9% | 229.1 / 9.9 | 76 | A348A (GCA→GCC) | porA | ferredoxin dehydrogenase alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/25); new base C (4/2); total (49/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGA > CP000730/1315622‑1315902 | ggTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCa < 2:90399/141‑1 (MQ=255) tgatcTTTTACTTGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 2:74820/5‑141 (MQ=255) ggACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 1:1026468/1‑141 (MQ=255) ggACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCattt > 1:122941/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCa > 2:428105/1‑141 (MQ=255) cGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTGATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAAt > 2:1039366/1‑141 (MQ=255) cGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTGATTGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAAt < 1:342036/141‑1 (MQ=255) aaaCAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGc < 1:455065/141‑1 (MQ=255) cAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATACCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCt < 2:992363/141‑1 (MQ=255) aaGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTg > 1:863082/1‑141 (MQ=255) aaGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTg > 1:115710/1‑141 (MQ=255) aGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGcccaat > 1:546548/1‑138 (MQ=255) aGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGt > 1:863073/1‑141 (MQ=255) gAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATATATGGTACACAAGGGGATATTCCAAAAATAGTTGTAGCACCAACTGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTgat > 2:1058173/1‑139 (MQ=255) aGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACAAGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAg < 2:89940/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGt < 1:516025/141‑1 (MQ=255) ttAATGCAAATGATTTATGGTACACATAGAGAAAAAAAAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGt < 2:406984/141‑1 (MQ=255) tGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAtt < 1:291573/141‑1 (MQ=255) gCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAttt > 2:489954/1‑141 (MQ=255) gCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAttt > 1:290574/1‑141 (MQ=255) cAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAANTGATTTg > 2:813906/1‑141 (MQ=255) aaaTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGc > 1:708439/1‑141 (MQ=255) aaTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCa < 2:595032/141‑1 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa > 2:99457/1‑141 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa < 2:617741/141‑1 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa > 2:608128/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 1:62746/1‑141 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 2:917326/1‑141 (MQ=255) tGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCttt > 2:848184/1‑141 (MQ=255) tACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAgg < 2:891681/141‑1 (MQ=255) tACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAAACACGACATATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAgg > 1:29959/1‑141 (MQ=255) acaTGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaa < 2:252249/141‑1 (MQ=255) tGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaaca > 2:887063/1‑141 (MQ=255) tGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaaca > 2:488376/1‑141 (MQ=255) gATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACt > 2:176378/1‑141 (MQ=255) ttCCAAAAAATGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTg > 1:956513/1‑141 (MQ=255) tCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGa < 2:449140/141‑1 (MQ=255) 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2:565384/1‑141 (MQ=255) aCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAtt > 2:837146/1‑141 (MQ=255) aTGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATACCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTCAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGaaa > 2:1066853/1‑141 (MQ=255) tGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAAt < 1:435826/141‑1 (MQ=255) cAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTa > 1:111159/1‑141 (MQ=255) cATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtggtg > 1:737850/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atttaatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGa < 1:377769/141‑1 (MQ=255) | GGTGGACCTTCTACTGGATTACCTACGAAACAAGAACAGTCAGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGA > CP000730/1315622‑1315902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |