| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,331,236 | T→A | 6.9% | S188T (TCT→ACT) | USA300HOU_1233 → | possible S33 family lysophophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,331,236 | 0 | T | A | 6.9% | 246.5 / 6.7 | 83 | S188T (TCT→ACT) | USA300HOU_1233 | possible S33 family lysophophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/35); new base A (2/4); total (44/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTACCAACCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAACCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATTACGTACACAAAGTGATTGGATTTCTAGTAATCCAATTGAAGTAGATAACTTTATTAAAGATCCATATAGTGGATTTAATGTGTCAAATCAATTATTATATCAAACAGCCTATTATATGCTACATACATCACAATTAAAAAATATGAAAATGTTAAATC > CP000730/1331100‑1331371 | tttACCAACCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAACCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATTACGTACACAAAGTGATTGGATTTCTAg < 2:709200/141‑1 (MQ=255) ttACCAACCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAAGCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATTACGTACACAAAGTGATTGGATTTCTAGt < 2:642501/141‑1 (MQ=255) ttACCAACCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAACCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATTACGTACACAAAGTGATTGGATTACTAga < 1:285173/141‑2 (MQ=255) tACCAAGCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAACCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATCACGTACACAAAGTGATTGGATTACTAgaa < 2:829310/141‑3 (MQ=255) 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TTTACCAACCGTTAAAGTGTTACAACTGATTACAAAAATTTATGGTGCTGAGAAACGAGTTGAATGGGTTAACCAGTTAGTATCAAATAGTTTTAATAAAAAAATACGTCCATTACGTACACAAAGTGATTGGATTTCTAGTAATCCAATTGAAGTAGATAACTTTATTAAAGATCCATATAGTGGATTTAATGTGTCAAATCAATTATTATATCAAACAGCCTATTATATGCTACATACATCACAATTAAAAAATATGAAAATGTTAAATC > CP000730/1331100‑1331371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |