| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,339,817 | C→A | 13.6% | intergenic (+149/‑145) | USA300HOU_1242 → / → USA300HOU_1243 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,339,817 | 0 | C | A | 13.6% | 170.8 / 6.7 | 65 | intergenic (+149/‑145) | USA300HOU_1242/USA300HOU_1243 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/30); new base A (4/6); total (29/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGATTATTATAATTATAAATAGAAAGAGAGTGTGATT > CP000730/1339679‑1339957 | tatTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCaa < 1:634424/141‑1 (MQ=255) atTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAat > 1:728431/1‑141 (MQ=255) gAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATaa > 2:524325/1‑141 (MQ=255) atCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATaaaaaaa < 1:709000/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAGTCAGATAATTTTAAAATATATTAAATATGGATAACTGAATGTGAAAATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAAAAAAAAAAAAAAACGCCAATACTATTAgg < 2:802123/141‑1 (MQ=255) aaGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTa > 2:952782/1‑141 (MQ=255) aGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTAt < 1:815874/141‑1 (MQ=255) ttAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAAt < 2:679094/141‑1 (MQ=255) ttAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATAAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAAt < 2:4806/141‑1 (MQ=255) tAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATGTAAATACAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAAtt > 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1:799269/1‑141 (MQ=255) taaataaaAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGc < 1:775004/141‑1 (MQ=255) ataaaAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTaa < 1:873128/141‑1 (MQ=255) taaaAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATAAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTaaa < 2:292294/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaTTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAAATAAAAAAAAACAATGTATTGCTaaa < 2:262612/140‑1 (MQ=255) aaaaaaTTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAAc < 1:321150/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTAc > 2:583694/1‑141 (MQ=255) aaaTAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGACTTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGc > 2:917778/1‑141 (MQ=255) atataatataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAg < 1:246641/141‑1 (MQ=255) tataatataGAATAGATTGAAACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAATCGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTCGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAgg < 1:772906/141‑1 (MQ=255) ataatataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGa > 1:277554/1‑141 (MQ=255) ataatataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGa < 2:326209/141‑1 (MQ=255) ataatataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTAAACATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGTTAAAAGTAGTTAATGGATTAAGa > 1:29985/1‑141 (MQ=255) ataatataGAATAGATGGAGACAAAAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGa < 2:802094/141‑1 (MQ=255) aatataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGatt > 2:825285/1‑141 (MQ=255) aatataGAATAGATGGAGAAAAAAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGACAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGatt < 2:640173/141‑1 (MQ=255) atataGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGatta > 2:732104/1‑141 (MQ=255) 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2:551732/141‑1 (MQ=255) | TATTTTTGAAATATCATGGAGTGAGCCTTTTAAGTCATCTAATTTTAAAGTATATTAAATATGGATAACTTAATGTGAATATAAATAAAAAATTATCAAATAATATAATATAGAATAGATGGAGACAAGAAATTTTATCAATATATAAAAAAAACGCCAATACTATTAGGTATTAGTTTATGAATTAACTAGTTTGGCAACTAGAAAAAAACAATGTATTGCTAAACGTAGTTACTGCATTAGGATTATTATAATTATAAATAGAAAGAGAGTGTGATT > CP000730/1339679‑1339957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |