| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,340,479 | A→T | 6.6% | intergenic (+311/‑390) | USA300HOU_1243 → / → USA300HOU_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,340,479 | 0 | A | T | 6.6% | 284.6 / 8.6 | 91 | intergenic (+311/‑390) | USA300HOU_1243/USA300HOU_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/33); new base T (3/3); total (55/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
AATGATCTTTAAGCGATGATATAAAAGGCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTAATTGGCATATATGATGATTTGTGATAATTATATTGTAATATAGCATTTGGTTTTATGATTCTAAAATTAATAGATTTGAAAAGTATACTTTATTTCATGAAAGTTTTTGGTACATTTATTTGAAAATGTTTTTATTACA > CP000730/1340340‑1340618 | aaTGATCTTTAAGCGATGATATAAAAGGCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTaa > 1:632889/1‑141 (MQ=255) aTGATCTTTAAGCGATGATATAAAAGGCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTAAt > 2:23802/1‑141 (MQ=255) tGATCTTTAAGCGATGATATAAAAGTCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTAAtt > 2:986601/1‑141 (MQ=255) tCTTTAAGCGATGATATAAAAGGCTGAACACAGTAAATAAGTTAACTTTAATGCAGTATTCTATACTATACATATTTTGTAATAATGTTTATGCACATAATTTTTCATTGACAATTTTTTATATTAAATTGTGTAATTGGc > 1:758883/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |