| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,341,933 | G→A | 6.1% | intergenic (+341/‑171) | USA300HOU_1245 → / → USA300HOU_1246 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,341,933 | 0 | G | A | 6.1% | 248.2 / 4.1 | 82 | intergenic (+341/‑171) | USA300HOU_1245/USA300HOU_1246 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/41); new base A (3/2); total (39/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
AAAAGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAATCAGTCAGGAGGGACTTTCCCTCCTACAATTTAATAATAATA > CP000730/1341798‑1342070 | aaaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGa < 2:622039/141‑1 (MQ=255) aaaGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAg < 1:893794/141‑1 (MQ=255) aGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTg > 1:902788/1‑141 (MQ=255) aGATTGGAATGGATCGTCTTGAAATGCTCCCTTCAAAGTTTTCATTTTTTCAATGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTg < 1:238312/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTa > 1:658064/1‑141 (MQ=255) gtcgtcTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTAc < 2:753710/141‑1 (MQ=255) gTCGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTAc < 1:207381/141‑1 (MQ=255) cGACTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACtt < 1:885126/141‑1 (MQ=255) gtgttCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTGTAGGTGTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGTAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACttt < 2:942859/138‑1 (MQ=255) cTTCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTtat > 1:352606/1‑141 (MQ=255) ttCGAAGGGGGCGTTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATGATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTtata < 2:649145/141‑1 (MQ=255) ttCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTtata < 1:328185/141‑1 (MQ=255) ttCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTtata > 1:185597/1‑141 (MQ=255) tCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATaa < 2:236199/141‑1 (MQ=255) tCGAAGGGGGCATTTTCATTAAATTGTTATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATaa < 2:147156/141‑1 (MQ=255) 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2:625314/1‑141 (MQ=255) ttATAGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTaa > 1:916562/1‑141 (MQ=255) ataGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAAtc < 2:335370/141‑1 (MQ=255) taGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAAtca < 1:913020/141‑1 (MQ=255) aGCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAAtcat > 2:809040/1‑140 (MQ=255) gCTTTTTATATTTGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAAtcagt < 2:468720/141‑1 (MQ=255) 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2:217378/141‑1 (MQ=255) tGTATAATGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAATCAGTCAGGAGGGACtt < 1:684333/141‑1 (MQ=255) aTGAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACAATCGAGCGTTAATCAGTTAGGAGGGACTTTCactc > 2:403135/1‑141 (MQ=255) gAACATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAATCAGTCAGGAGGGACTTTCcctcct < 1:315297/141‑1 (MQ=255) acgtataAGTTGAAGAAGGTGCGAGTGAGGGAAATAAAAAGGACCAAATGTAGCAAAGGGTTAATCTGAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGGGTTAATCAGTCAGGAGGGACTGTcggtcgtac > 2:103372/4‑133 (MQ=255) cATATAAGTTTAAGAAGGTGCGAGTGAAGGAAATAAAAAAGCTCAAATGTACCAAATTGTTAATCTTAATAAATCTCTACTTTATAAAGATTGAATGGACATTCGAGCGTTAATCAGTCAGGAGGGACTTTCCCTCCTACa > 2:36375/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |