| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,526,104 | C→T | 6.5% | S613S (TCG→TCA) | dnaQ ← | DNA‑directed DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,526,104 | 0 | C | T | 6.5% | 285.5 / 6.3 | 92 | S613S (TCG→TCA) | dnaQ | DNA‑directed DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/54); new base T (2/4); total (34/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
AAACGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACTT > CP000730/1525963‑1526244 | aaaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGA‑TTTTAAGATAAATTTTTAATc > 1:884713/1‑141 (MQ=255) aaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATc > 2:186381/1‑141 (MQ=255) aaCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCGTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATc < 2:768578/141‑1 (MQ=255) aCGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCg > 2:130235/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 2:417912/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 1:1043641/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 2:382344/141‑1 (MQ=255) tAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGt < 1:186381/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGtt < 1:472720/141‑1 (MQ=255) aaaTTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGtt < 1:16084/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGttt > 1:319684/1‑141 (MQ=255) tttAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCTTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTtttatt < 1:496583/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTaa > 1:197073/1‑141 (MQ=255) aTCGATATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAAc < 1:711946/141‑1 (MQ=255) aTCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAAc > 1:795015/1‑141 (MQ=255) cGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACtt < 2:688234/141‑1 (MQ=255) cGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACtt > 2:220366/1‑141 (MQ=255) | AAACGAATGATTAAATTTTAAAGTACCAGATATAAAAATGAGCGATTTAAATTTTTCCAATACTTGTTTCGTTAATACATCTTTTACAGCGTAATCTTTCACATATAAACGTATTGTTGATTTTTGAGATAAATTTTTAATCGAAATGAAACTAGTATGTCCAGCTTTTAAACTTTGTTCGATATTTTTAAATTTATCTTTTAAATACAACAACTGTTTCCGTAATGATTTAACTGTTTTATGACTAATGCCATTGAATATTTCTAGCGTTTTATTTAACTT > CP000730/1525963‑1526244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |