Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,664,318 | T→C | 5.9% | I30V (ATA→GTA) | pbp3 ← | penicillin‑binding protein 3 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,664,318 | 0 | T | C | 5.9% | 196.2 / 2.9 | 68 | I30V (ATA→GTA) | pbp3 | penicillin‑binding protein 3 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/35); new base C (2/2); total (31/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 |
TTCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTA > CP000730/1664180‑1664456 | ttCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATACaa > 2:818558/1‑141 (MQ=255) tCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAAt > 1:825112/1‑141 (MQ=255) gTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATACAATcac > 2:422023/1‑141 (MQ=255) tAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACAcc < 1:264760/141‑1 (MQ=255) tAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACAcc < 2:652602/141‑1 (MQ=255) aaaaTACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCa > 2:171684/1‑141 (MQ=255) cGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACATAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAAtata > 1:584506/1‑141 (MQ=255) gACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAACATAAATATAATAACACCAAATATaa > 2:1081940/1‑141 (MQ=255) ccTCTTGGCACAGGGTGGTTCACGGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAg < 2:267258/141‑1 (MQ=255) ctctTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGt < 2:690182/141‑1 (MQ=255) actgACTCTTTCACTGTAATGGTTTCATCTTTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAATAATAAATATAATCACTCCAAATATAGAGTTAATtctc < 2:587102/138‑1 (MQ=255) acaGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATtctc < 2:87652/141‑1 (MQ=255) aGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCtt < 1:313933/141‑1 (MQ=255) aCTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGt > 1:356217/1‑141 (MQ=255) aCTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGt > 2:1049506/1‑141 (MQ=255) cATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTaa < 1:127376/141‑1 (MQ=255) ttCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGCGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCCCACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAAtt > 2:460610/1‑141 (MQ=255) ttCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAAtt > 1:713613/1‑141 (MQ=255) ttCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAAtt < 1:692234/141‑1 (MQ=255) tCACTCTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTg < 2:1054823/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTg < 1:850167/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTtc < 1:228368/141‑1 (MQ=255) catTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTtcat < 1:622973/141‑1 (MQ=255) ttttttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTtcatca > 2:985219/1‑141 (MQ=255) ttttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCAtt > 1:208060/1‑141 (MQ=255) ttttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAAGATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCAtt > 2:574138/1‑141 (MQ=255) tttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCAttt < 2:743122/141‑1 (MQ=255) ttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTg > 1:225/1‑141 (MQ=255) ttATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTg < 2:418398/141‑1 (MQ=255) ataATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGAt > 1:113538/1‑141 (MQ=255) taATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGAtt < 2:234813/141‑1 (MQ=255) tGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATACAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCt < 1:818558/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCttt < 1:750208/141‑1 (MQ=255) aGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTa > 2:306667/1‑141 (MQ=255) gCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTaa < 2:669902/141‑1 (MQ=255) gCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTaa < 2:795867/141‑1 (MQ=255) ccTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGATAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAAc < 1:286255/141‑1 (MQ=255) gtgCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTAtatttcgtgaaa > 2:39898/1‑134 (MQ=255) tgCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAAc < 1:171684/141‑1 (MQ=255) gCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAAct > 1:105992/1‑141 (MQ=255) gCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAAct > 1:186242/1‑141 (MQ=255) tttGTAAATGACCTAGACGTAGGACAAGTACTGCAAAAATAAATATAACCACACCAAATAAAAAGTTAAATCACTAGTTAATTGTATTTTACACGATATCATCATATGATCTTTCTTTTAGTCTTTCTAACAAACctacca > 2:380046/1‑140 (MQ=255) tAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTacctacct < 1:279659/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agtcctagtactGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATCTAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTc > 2:98559/1‑141 (MQ=255) gtactagtactGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCa > 1:232068/1‑141 (MQ=255) tactagtactGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCAc < 2:216195/141‑1 (MQ=255) actagtactGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACt < 1:531986/141‑1 (MQ=255) tagtactGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACttt > 1:279008/1‑141 (MQ=255) aaacaataaataTAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCata < 2:943602/137‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACGTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCatat > 1:616445/1‑141 (MQ=255) atatAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTATTTTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAAttt > 2:893168/1‑141 (MQ=255) tataATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTa > 2:252565/1‑141 (MQ=255) | TTCTGTCTAAAATACGACCTCTTGGCACAGACTCATTCACTGTAATGTTTTCATCATTTTTTATAATTTGTTTATAATGTGAGCCTTGTGCGATTTGTAAATAACCTAAACGTAGTACTAGTACTGCAAAAATAAATATAATCACACCAAATATAAAGTTAATTCTCTTGTTAATTGTATTTTGAACGATTTCATCATTTGATTTTTCTTTTAGTCTTTTTAACAAAACTACCTACCTCTATTCAAAGTCTTTCACTTTAAATCATATATGAATTTA > CP000730/1664180‑1664456 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |