| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,942,634 | T→C | 5.1% | K58K (AAA→AAG) | splC ← | S1B family serine protease SplC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,942,634 | 0 | T | C | 5.1% | 292.5 / 4.7 | 97 | K58K (AAA→AAG) | splC | S1B family serine protease SplC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/41); new base C (2/3); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
TGCTTTTAATTTTATATATACCACCATTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAGAATGGCTAATG > CP000730/1942495‑1942773 | tGCTTTTAATTTTATATATACCACCATTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCtt < 1:838583/141‑1 (MQ=255)tGCTTTTAATTTTATATATACCACCATTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCtt < 1:838547/141‑1 (MQ=255) tttAATTTTATATATACCACCATTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTaaa > 1:404863/1‑141 (MQ=255) ttATATATACCACCATTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAacg < 1:301956/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) caccaTTTCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATtat < 2:330964/141‑1 (MQ=255) caccaTTTCCTTTGTAACAGTTTGGATAGGCAGTAATTCTATCGCCAAATATATAAACTAAAAATAAATGTTTATAGGTGATAATTGTATTCTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTGAATGAAacgacaaaaaaaa < 2:699844/141‑9 (MQ=255) aTTTCCGTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATgg < 2:209345/141‑1 (MQ=255) tttCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAacgacgaaaaaaaaaaaa < 2:211651/141‑13 (MQ=255) tttCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGa < 1:270915/141‑1 (MQ=255) ttCCTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGaa > 2:121003/1‑141 (MQ=255) ccTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCATTTATTTAACCTGTCGCATCTTTACATGAAACGACGCCATTATATGGaaaa > 2:985437/1‑141 (MQ=255) ccTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGaaaa > 2:731825/1‑141 (MQ=255) cTTTGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATAGaaaaa < 2:785285/141‑1 (MQ=255) ttGTCACCGTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAata > 2:357760/1‑141 (MQ=255) cacagTTTGGATGGGCAGTAATTCTATCGCCAACTTTATAATCTTTTGATACATGTTTATTGGTGATAATTGTATTTTTTCCAATTACAAAACCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTg < 2:596473/137‑1 (MQ=255) 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aCCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAg > 1:798022/1‑141 (MQ=255) aCCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAg > 1:988280/1‑141 (MQ=255) aCCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAg > 2:705230/1‑141 (MQ=255) aCCTGTCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCAATTATTCAAGTTACTGAGGTTAg > 1:469477/1‑141 (MQ=255) tCGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAGAATgg > 1:16302/1‑141 (MQ=255) cGCATCTTTAAATGAAACGACGCCATTATATGGAAAAATATTTGTATCTTTAACTTGCGTAACATTCTTCTCTGCATTTGCTATTTGTTGTGTCTCTTCAACGACTGCAGCATTTATTCCAGTTACTGAGGTTAGAATGGc > 2:318952/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |