| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,970,814 | G→C | 5.1% | intergenic (+3/‑730) | USA300HOU_1831 → / → USA300HOU_1832 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,970,814 | 0 | G | C | 5.1% | 307.6 / 5.7 | 92 | intergenic (+3/‑730) | USA300HOU_1831/USA300HOU_1832 | hypothetical protein/hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/41); new base C (2/3); total (48/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAATTGGTGGTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTA > CP000730/1970678‑1970954 | cAATTGGTGGTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTa > 2:1086600/1‑141 (MQ=255) aTTGGTGGTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACg > 1:459412/1‑141 (MQ=255) ttGGTGGTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGt < 1:955517/141‑1 (MQ=255) tggtggTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGtt > 2:519817/1‑141 (MQ=255) tggtgAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTtctc > 2:384344/1‑141 (MQ=255) tggtgAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTtctc > 1:925953/1‑141 (MQ=255) tggtgAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTtctc > 1:292626/1‑141 (MQ=255) ggtgAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCg < 2:673434/141‑1 (MQ=255) tgAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCCAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGAt > 2:318007/1‑141 (MQ=255) actttAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATca < 1:1050698/138‑1 (MQ=255) actttAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATca < 1:845288/138‑1 (MQ=255) aaTTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATcac < 1:486288/141‑1 (MQ=255) aTTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATcaca < 2:52270/141‑1 (MQ=255) aTTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATcaca < 2:511789/141‑1 (MQ=255) ttAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACaa > 2:12344/1‑141 (MQ=255) tAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAAc < 2:519642/141‑1 (MQ=255) aaGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACt > 1:922113/1‑141 (MQ=255) aGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTa < 2:677237/141‑1 (MQ=255) tCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTAtt < 2:579673/141‑1 (MQ=255) ttACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTAttttt > 1:959343/1‑141 (MQ=255) ttACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTAttttt < 1:513794/141‑1 (MQ=255) ttACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGGGGCTAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTAttttt < 2:974015/141‑1 (MQ=255) tACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTtta < 2:769306/141‑1 (MQ=255) ttGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTttatta > 1:297635/1‑141 (MQ=255) ttGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTttatta > 2:450303/1‑141 (MQ=255) tGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAg < 2:504841/141‑1 (MQ=255) ggAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGt > 1:825450/1‑141 (MQ=255) ggAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGt > 2:235375/1‑141 (MQ=255) gAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTa > 2:1011298/1‑141 (MQ=255) tCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCa > 2:47646/1‑141 (MQ=255) tCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCa > 1:616233/1‑141 (MQ=255) cAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGACACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCat > 2:1053993/1‑141 (MQ=255) aaaTCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCata > 2:257006/1‑141 (MQ=255) tCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAAGCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCAtattt > 2:1002034/1‑141 (MQ=255) cTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCAtattta < 1:256436/141‑1 (MQ=255) tGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCAtatttat > 2:260302/1‑141 (MQ=255) gACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCACGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCAtatttatt > 1:94253/1‑141 (MQ=255) aCATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATatttattt > 2:168836/1‑141 (MQ=255) cATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTAtttt > 2:322084/1‑141 (MQ=255) aTTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGACCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTAttttt < 1:786081/141‑1 (MQ=255) ttAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAACACGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTAtttttt < 1:254584/141‑1 (MQ=255) ttAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCAAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTAtttttt < 2:246677/141‑1 (MQ=255) ccTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAAt > 1:31345/1‑141 (MQ=255) ttGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGc < 1:240601/141‑1 (MQ=255) ttGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGc < 2:119891/141‑1 (MQ=255) gAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGACCCGAAACTTCTAAGTAGCACGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCa < 1:918290/141‑1 (MQ=255) gAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCa < 2:241712/141‑1 (MQ=255) aCGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCaaa > 1:789106/1‑141 (MQ=255) cGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAAt < 2:925953/141‑1 (MQ=255) gTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATa > 1:896368/1‑141 (MQ=255) tACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAAc > 2:555437/1‑141 (MQ=255) cAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACga < 1:666774/141‑1 (MQ=255) gTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACgaga > 2:288350/1‑141 (MQ=255) cacacaTCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATg > 1:374046/1‑141 (MQ=255) caTCGAAAAATTACAAAATCGTGGCTAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATCTTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACAt < 2:54033/141‑1 (MQ=255) tCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTa < 1:878555/141‑1 (MQ=255) tCGAAAANTTACAAAAGCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCACGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTTAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTa < 2:815674/141‑1 (MQ=255) aaaTTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGaaa > 1:340061/1‑141 (MQ=255) aTTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACaagaaatatc < 1:151722/141‑10 (MQ=255) aTTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAAtt > 1:775597/1‑141 (MQ=255) ttACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAg < 2:83371/141‑1 (MQ=255) tACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGa > 2:873487/1‑141 (MQ=255) tACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGa > 1:842328/1‑141 (MQ=255) tACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGa < 2:129258/141‑1 (MQ=255) aCAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGat > 1:24432/1‑141 (MQ=255) cAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGata < 1:16051/141‑1 (MQ=255) cAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGata < 2:320216/141‑1 (MQ=255) cAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGata > 2:507872/1‑141 (MQ=255) aaaTCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATAtt > 2:10421/1‑141 (MQ=255) gTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTg < 2:696256/141‑1 (MQ=255) tGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGt < 2:81268/141‑1 (MQ=255) ggCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTc < 2:635551/141‑1 (MQ=255) ggCGAGGATATTGCAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTc < 2:720108/141‑1 (MQ=255) gCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCa < 1:507872/141‑1 (MQ=255) gCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAAGTAGATATTTCTTGTCa > 1:259415/1‑141 (MQ=255) gAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCAtc < 1:168836/141‑1 (MQ=255) atatTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCtt > 2:767512/1‑141 (MQ=255) atTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCtttt < 1:229632/141‑1 (MQ=255) tGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCtttttt > 2:683148/1‑141 (MQ=255) ggAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTa > 1:685135/1‑141 (MQ=255) gAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTaa > 2:1033358/1‑141 (MQ=255) aaaCGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTaaa > 2:186313/1‑141 (MQ=255) aCGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGTTCACAACTGTTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAAc < 2:180234/141‑1 (MQ=255) aCGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAAc < 1:427019/141‑1 (MQ=255) aCGAAACGTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAAc < 2:365511/141‑1 (MQ=255) cGAAATTTCTAAGTAGCACGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTTAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTATAACt > 1:338895/1‑141 (MQ=255) aaaTTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCa > 1:339394/1‑141 (MQ=255) aaaTTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCa < 1:1018265/141‑1 (MQ=255) aaTTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTGTTTTTTAAAACTCaa > 1:900274/1‑141 (MQ=255) tAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAAc > 2:1025130/1‑141 (MQ=255) aGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACtt > 2:341567/1‑141 (MQ=255) aGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGttt < 1:1027473/141‑1 (MQ=255) ggTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTa > 1:922924/1‑141 (MQ=255) ggTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTa > 1:109371/1‑141 (MQ=255) ggTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTa < 2:642984/141‑1 (MQ=255) ggTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTa > 1:176913/1‑141 (MQ=255) | CAATTGGTGGTGAAATTAAGTCATTACTTGGAAACTTCAAATCTGACATTAATCCTAATATTGAACGTTTACAGTCACACATCGAAAATTTACAAAATCGTGGCGAGGATATTGGAAACGAAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACATTAGAAATTAGATATTTCTTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTA > CP000730/1970678‑1970954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |