| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,086,482 | G→T | 7.1% | intergenic (‑372/+17) | USA300HOU_1945 ← / ← USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,086,482 | 0 | G | T | 7.1% | 277.8 / 8.0 | 84 | intergenic (‑372/+17) | USA300HOU_1945/USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/45); new base T (3/3); total (36/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
TTCTTGATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATT > CP000730/2086342‑2086622 | ttCTTGATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCg < 1:241219/141‑1 (MQ=255) gATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTaaaa < 1:225824/141‑1 (MQ=255) tttATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAgtgt > 2:227745/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTTCTTTTTTAAATAAATTAATGTTTGATAATACTCTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttt < 1:647831/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttttacatatct > 2:807995/1‑133 (MQ=255) aGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAatat > 1:427099/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTATTTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:73857/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt < 2:836588/141‑1 (MQ=255) tGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTa > 1:1005927/1‑141 (MQ=255) gTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACttt > 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(MQ=255) tttttCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCttt < 1:309008/141‑1 (MQ=255) ttttttatatTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGTTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCtttt > 2:922848/7‑141 (MQ=255) ttCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTATATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGa < 2:231630/141‑1 (MQ=255) aaTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGt < 2:448127/141‑1 (MQ=255) aTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGtt < 1:528274/141‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:546642/1‑95 (MQ=255) 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1:288933/141‑1 (MQ=255) accaccCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTGTATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGAcc < 2:217869/141‑1 (MQ=255) accCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGa > 1:540961/1‑141 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa < 2:674351/141‑1 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa > 1:1075569/1‑141 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa < 2:1065259/141‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAAtt > 1:764610/1‑141 (MQ=255) | TTCTTGATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATT > CP000730/2086342‑2086622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |