| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 39,653 | C→A | 7.2% | S494I (AGT→ATT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,653 | 0 | C | A | 7.2% | 366.0 / 10.9 | 110 | S494I (AGT→ATT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/47); new base A (3/5); total (58/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACT > CP000730/39524‑39793 | gcgcTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCt > 1:596707/1‑141 (MQ=255)gcgcTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCt > 2:802027/1‑141 (MQ=255) gcTATAGATTGACAGGATCTGCACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATGAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTc < 2:34894/141‑1 (MQ=255) ataGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCAcc < 2:709110/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCa > 1:799888/1‑141 (MQ=255) gATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAt > 2:261161/1‑141 (MQ=255) gATAATCACGTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTGCTGCCTTATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTTTCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCAt < 2:63405/141‑1 (MQ=255) tCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTAGCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTTAGTCGATATTACCATTTAcc > 1:151318/1‑141 (MQ=255) cTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTTTATTTTTTTACTGCCCAATTCGAGTGCTACTCTAGCACAGAAACTCTTATCTGATCATTCTACCGCTCGTCTTCCGCCGATATTACCACTTAccccc > 2:899107/1‑138 (MQ=255) | GCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACT > CP000730/39524‑39793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |