| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,280,118 | A→T | 6.2% | intergenic (+1786/+6246) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,280,118 | 0 | A | T | 6.2% | 348.5 / 11.1 | 114 | intergenic (+1786/+6246) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/59); new base T (2/5); total (49/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTCAGTTGCTTTTGATAAAATGTCTTCTAAAGCATTCGTAAACGCTTCTTTTTC > CP000730/2279978‑2280258 | tCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATTCGTACGTGCCATTTCTTTCGCCGATTCATCTGCATCTGCATTTTTACTTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCa > 2:768811/1‑141 (MQ=255)tCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCa > 2:418729/1‑141 (MQ=255) aGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAgg > 1:877411/1‑141 (MQ=255) aGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCATCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAgg > 2:857883/1‑141 (MQ=255) 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TCAGCAAATCTGTCAAAATATCTACCTAAATCCGTACGTGCAATTTCTTTCGCCGATGCATCTGCATCTGCATTTTTAATTATTTCTATTTGCTTGTTAACCACTTCTCTGATTGCTTCCAAAGCATTTTTCTTAACTTCAGGATTAATACGTTGTGCTTTAAGTTGTTCAAGCGCACTATTTTTGACAGTAGCGATTTCTGCATTTGTAGTTTGATCAGAAATATCTTCAGTTGCTTTTGATAAAATGTCTTCTAAAGCATTCGTAAACGCTTCTTTTTC > CP000730/2279978‑2280258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |