| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,282,111 | G→T | 7.4% | intergenic (+3779/+4253) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,282,111 | 0 | G | T | 7.4% | 380.7 / 4.7 | 120 | intergenic (+3779/+4253) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/44); new base T (9/2); total (74/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTTCATC > CP000730/2281972‑2282250 | ggTTGCGTGCTTTTAATTGTATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgtt < 2:808032/141‑1 (MQ=255) ggTTGCGTGCTTTGGATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgtt < 1:583858/141‑1 (MQ=255) ggTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCtgtt < 2:1037206/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt < 1:325286/141‑1 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt > 2:971318/1‑141 (MQ=255) tGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGt > 2:971327/1‑141 (MQ=255) ttgaattgaaTTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTGTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTg > 2:621009/1‑141 (MQ=255) attgaattCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCa > 2:106723/1‑141 (MQ=255) ttgaattCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCat > 1:338428/1‑141 (MQ=255) tgaattCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCatt < 1:534126/141‑1 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tCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTCGCAGCTGTAATATTATTTTTTTTTTTTTTTTCTGCTGTTGCTAATTGTTGAATATTTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCTTTATTGCTTTCAtttgtt > 2:689814/1‑141 (MQ=255) tttCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTTTTTTCGCGTTCTGCTCATTATTGATAACAtttgtttg > 2:912263/1‑141 (MQ=255) tttCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAtttgtttg < 1:1039062/141‑1 (MQ=255) tttCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAtttgtttg < 1:1039069/141‑1 (MQ=255) tttCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACAtttgtttg > 2:440250/1‑141 (MQ=255) ttCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGc > 1:921677/1‑141 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ccATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGa > 2:396822/1‑141 (MQ=255) aTTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATc < 2:158833/141‑1 (MQ=255) ttATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGCTCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCa < 1:792435/141‑1 (MQ=255) atcatcAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAt > 1:732127/1‑141 (MQ=255) tcatcaGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTTTTTTTTTTTACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTTTTCTGTTGTAGCGTTCTGCTCATTATTGTTAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAtt > 2:523149/1‑141 (MQ=255) catcaGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAAttt > 2:357225/1‑141 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1:540322/1‑141 (MQ=255) tAGCTGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTATCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTg > 2:968424/1‑141 (MQ=255) tAGCTGCTTCTTTTTTTTTTTTTTTAGCGTTCTGATCAGTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGTTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTg > 2:968407/1‑141 (MQ=255) aGCTGCTNCTTTTTTTTCTGTTGTATCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATTAATTTCATCTTTAGCCTCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGc < 2:811094/141‑1 (MQ=255) ctgctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTCATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTGCTCAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAt > 1:486482/1‑141 (MQ=255) ctgctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGATCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAt < 2:857544/141‑1 (MQ=255) gctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAttt > 2:35551/1‑141 (MQ=255) gctTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCAttt < 2:598188/141‑1 (MQ=255) cttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTg > 1:519928/1‑141 (MQ=255) cttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTg > 1:404249/1‑141 (MQ=255) ttcttTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGc < 2:921677/141‑1 (MQ=255) | TGGTTGCGTGCTTTGAATTGAATTCTTTCCAGCGTCTTTCGCCTGATCTACACCATTATCATCAGTTGCAGCTGTAATATTATTTTTCGCGTCTGTAACTGCTGTTGCTAATTGTTGAATAGCTGCTTCTTTTTCTTCTGTTGTAGCGTTCTGATCATTATTGATAACATTTGTTTGCGTTGCTTGTAATTGATCAATTTCATCTTTAGCCGCTTGTTTCTTCACAACTTTTGGTGTTACCGCATTAATCGCTGCTTCTGCATTTGCTTTAGCTTCATC > CP000730/2281972‑2282250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |