| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,330,698 | T→A | 5.2% | G95G (GGA→GGT) | lacD ← | tagatose‑bisphosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,330,698 | 0 | T | A | 5.2% | 376.8 / 2.3 | 125 | G95G (GGA→GGT) | lacD | tagatose‑bisphosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/65); new base A (2/6); total (53/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACGTTTTGCAGACCACTCTACTAAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTAATTGTTCAA > CP000730/2330558‑2330837 | ttttGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACGTTTTGCAGACCACTCTACTAAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCatat < 1:398908/141‑1 (MQ=255) ttGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCGACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTCAAACGTCGTGCAGACCACTCTACGCAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATAGcc < 2:681165/141‑1 (MQ=255) ttGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACGTTTTGCAGACCACTCTACTAAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATcc < 1:711652/141‑1 (MQ=255) ttGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACGTTTTGCAGACCACTCTACTAAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATcc < 2:378466/141‑1 (MQ=255) 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1:898625/1‑141 (MQ=255) ggTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAAttct < 2:929779/141‑1 (MQ=255) gTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAAttctt > 2:201095/1‑141 (MQ=255) taaacgctaaaggtcGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAAttcttc > 2:683352/15‑141 (MQ=255) cGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGCTCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCa > 2:169796/1‑141 (MQ=255) cGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCa > 2:487559/1‑141 (MQ=255) cTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTa > 2:187545/1‑141 (MQ=255) tttAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTaa < 1:21238/141‑1 (MQ=255) tttAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTaa < 1:61995/141‑1 (MQ=255) aGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATAc < 1:494947/141‑1 (MQ=255) gCGTTTACGTCAGATCCAGTTTTTTCCTAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACt < 1:127389/141‑1 (MQ=255) cGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACtt > 1:907805/1‑141 (MQ=255) ttACGTCATATCTAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAATCTGGTAAACCATATTCAGGATCTGATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTa > 2:525394/1‑141 (MQ=255) ttACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTa > 2:368213/1‑141 (MQ=255) aCGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTAAt > 1:439540/1‑141 (MQ=255) cGTCATAACCAGTTTTTTCATAAGCTAGCAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCAGATGCTGGTAAACCGTATTCTGGATCTAATAAAATTGAAGACGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACCAATACTTTTAAtt < 2:31098/141‑1 (MQ=255) tCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTAATTGt > 1:418837/1‑141 (MQ=255) | TTTTGAATGTTAATTTCTTCAGCATCATCAACATCATAGTAAAGTAAGAATTTAACAGCATTTGCGCCTTGTTCTTTTAAACGTTTTGCAGACCACTCTACTAAACAGTCAGGTAAACGACCTTTAGCGTTTACGTCATATCCAGTTTTTTCATAAGCAAGTAATAATCCACAATCTTTGTTACGTGCATCTGAAGCTGGTAAACCATATTCAGGATCTAATAAAATTGAAGATGCATATTGTGTTAATTCTTCCGCAACTAATACTTTTAATTGTTCAA > CP000730/2330558‑2330837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |