| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 2,378,942 | 0 | C | T | 5.7% | 334.3 / 6.0 | 104 | S182N (AGT→AAT) | USA300HOU_2240 | AEC family malonate efflux carrier |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/49); new base T (3/3); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AATATTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGACACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAAAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAACATCA > CP000730/2378802‑2379080 | aaTATTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGATACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAGAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGAc > 2:30112/1‑141 (MQ=255) atatTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGACACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAAAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGACt < 2:876682/141‑1 (MQ=255) atatTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGACACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAAAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGACt > 1:754932/1‑141 (MQ=255) tatTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGACACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAAAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGACtt > 1:90758/1‑141 (MQ=255) 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tgtgGTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAaagtaa > 2:317255/1‑141 (MQ=255) tgtgGTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAaagtaa < 1:137752/141‑1 (MQ=255) tgGTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAaagtaagt < 2:720167/141‑1 (MQ=255) gTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAgtaagtaa > 1:382437/1‑141 (MQ=255) aaaTGCATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTNAGTAAtt > 2:814077/1‑141 (MQ=255) aTGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTCCCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTcc > 2:1030060/1‑141 (MQ=255) ggATGTGACTTATATTCGATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACGGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCaa < 2:1027/141‑1 (MQ=255) aTGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAAc > 2:849076/1‑141 (MQ=255) aTGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAAc < 2:213716/141‑1 (MQ=255) tgACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAACATc > 1:91994/1‑141 (MQ=255) gACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAACATca > 2:521079/1‑141 (MQ=255) | AATATTTAATAGTAGCAGGTATATACTTTCTTTCCAGAGTAAAATTCAACATGACACCTAGCAAAATCATTGATAACGGCATATTTGCATGGGAAAGTATGCTAAAGAAATCGATTGCCACATGTGGTAAATGGATGTGACTTATATTCAATATAAACATTACAATGTATGTAACGAGTGGCACTGATTGTAATAATTTCTTACCTAAATATTTAAAATCGAATTGATCACTACCTTCACTAAAGTAGCTACCTACAAAGTAAGTAATTCCAAACATCA > CP000730/2378802‑2379080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |