Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 2,403,072 | 0 | A | T | 5.1% | 315.1 / 7.1 | 98 | intergenic (‑209/+5) | fhuD/USA300HOU_2267 | iron (Fe+3) ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein/acyl‑CoA dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/51); new base T (2/3); total (44/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.28e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AGCTAGTGTTATTTATTTTTTATTTTCGCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTTTTAAAATTTAAAATGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCAACT > CP000730/2402933‑2403212 | aGCTAGTGTTATTTATTTTTTATTTTCGCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTtttaa < 1:513327/141‑1 (MQ=255) gCTAGTGTTATTTATTTTTTATTTTCGCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTtttaaa > 1:368184/1‑141 (MQ=255) cTAGTGTTATTTATTTTTTATTTTTTCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTtttaaaa > 2:287666/1‑141 (MQ=255) gtgtTATTTATTTTTTATTTTCGCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTtttaaaattt < 2:663034/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCTTTTAAAATTTAAAATGTATCTGTAATACTCTTAGCAAGATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGAGTCATTTCTAAGCTTTTAGc > 2:270385/1‑141 (MQ=255) tttaaaatttaaaaTGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCa > 1:805707/1‑141 (MQ=255) tttaaaatttaaaaTGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCa < 2:779647/141‑1 (MQ=255) aaaatttaaaatGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCACCt > 2:670615/1‑141 (MQ=255) aaaatttaaaatGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCAACt > 2:159838/1‑141 (MQ=255) | AGCTAGTGTTATTTATTTTTTATTTTCGCAAAAAATTTAACAAAATATCTTAACATCCCTATAAATCCCCACAAAAAAAGGGTAAATCCGAACGTCAAATTTCATCTCTTTATGCCAATCAACGATCGATTTACCTTTTAAAATTTAAAATGTATCTGTAATACTCTTAGCAATATTTGTATATGCTGCATCTTCCATAGGTGGATTGTGTAATCCTGCACGCATGTCACGATAGTAACGTTGTAATGGTCGATTCATTTCTAAGCTTTTAGCACCAACT > CP000730/2402933‑2403212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |