| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,413,192 | C→A | 6.7% | S516S (TCG→TCT) ‡ | USA300HOU_2279 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,413,192 | 0 | C | A | 6.7% | 268.8 / 6.0 | 83 | S516S (TCG→TCT) ‡ | USA300HOU_2279 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/41); new base A (3/3); total (39/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.46e-01 | |||||||||||
AAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACA > CP000730/2413053‑2413332 | aaaTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCg > 1:506773/1‑141 (MQ=255) aTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAt < 1:389680/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:653469/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:15428/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa > 2:808231/1‑141 (MQ=255) caTTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACtt < 2:499880/141‑1 (MQ=255) tGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTtata > 1:113631/1‑141 (MQ=255) aCTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAtt < 2:14392/141‑1 (MQ=255) ttCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGa > 1:890978/1‑141 (MQ=255) tCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGAc > 1:442281/1‑141 (MQ=255) aTGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAt < 2:872854/141‑1 (MQ=255) tGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAtg > 1:623524/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGc < 2:879088/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 2:942222/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 1:594910/141‑1 (MQ=255) cTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATTATGCACAtgtcaattat < 2:81001/141‑8 (MQ=255) aCAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCt < 1:1084086/141‑1 (MQ=255) cAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTc < 1:1017486/141‑1 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 2:700096/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 1:972105/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAGTGATTTGTTCATATTGAGTCCTCgc > 2:1028999/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAg > 2:458498/1‑141 (MQ=255) aaCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAg < 1:789352/141‑1 (MQ=255) aCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGt < 2:995073/141‑1 (MQ=255) aaTCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTc < 1:97949/141‑1 (MQ=255) aTCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCa < 1:667470/141‑1 (MQ=255) tCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAg > 2:5007/1‑141 (MQ=255) ccTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGaa > 2:215191/1‑141 (MQ=255) gTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCt < 1:517017/141‑1 (MQ=255) tAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtt < 1:560215/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:933859/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 1:223276/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:498032/141‑1 (MQ=255) ttGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCttatt < 2:666097/141‑1 (MQ=255) gATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTaa < 2:892932/141‑1 (MQ=255) gATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTaa > 2:151012/1‑141 (MQ=255) aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:229116/1‑141 (MQ=255) aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:55209/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTTGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCTTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777759/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777764/1‑141 (MQ=255) gTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAg < 2:506773/141‑1 (MQ=255) tatTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACa < 2:109276/141‑1 (MQ=255) atTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACAt > 1:280138/1‑141 (MQ=255) tttATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACAtt < 2:810670/141‑1 (MQ=255) tGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGa < 1:469920/141‑1 (MQ=255) tGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGa > 2:507193/1‑141 (MQ=255) tGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCCTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATCACTATCAGACAATGTGa > 2:102123/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtt < 1:518994/141‑1 (MQ=255) aTAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGTAACCTTATTAAAATCAGACATTGTGAtt < 2:113631/141‑1 (MQ=255) 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aaTTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTaa > 1:522652/1‑141 (MQ=255) atttatttCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAAt < 2:96332/141‑1 (MQ=255) tatttCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCaa < 2:851259/141‑1 (MQ=255) tttCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTTTTTTTTTTCATTATTCTCATTAATCAAAt > 2:825881/1‑141 (MQ=255) tttCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAATTCATTATTTACATTAATCAAAt > 2:726532/1‑141 (MQ=255) tttCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAAt > 1:624564/1‑141 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1:691303/1‑141 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:221974/141‑1 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:339211/141‑1 (MQ=255) | AAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACA > CP000730/2413053‑2413332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |