| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,413,194 | A→C | 6.9% | S516A (TCG→GCG) ‡ | USA300HOU_2279 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,413,194 | 0 | A | C | 6.9% | 249.0 / 11.7 | 87 | S516A (TCG→GCG) ‡ | USA300HOU_2279 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/45); new base C (3/3); total (39/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
ATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACAT > CP000730/2413055‑2413333 | aTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAt < 1:389680/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:653469/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa > 2:808231/1‑141 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:15428/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAtg > 1:623524/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGc < 2:879088/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 1:594910/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 2:942222/141‑1 (MQ=255) cTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATTATGCACAtgtcaattat < 2:81001/141‑8 (MQ=255) aCAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCt < 1:1084086/141‑1 (MQ=255) cAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTc < 1:1017486/141‑1 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 1:972105/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 2:700096/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAGTGATTTGTTCATATTGAGTCCTCgc > 2:1028999/1‑140 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 2:60961/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAg > 1:895478/1‑141 (MQ=255) aCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGt < 2:995073/141‑1 (MQ=255) aaTCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTc < 1:97949/141‑1 (MQ=255) aTCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCa < 1:667470/141‑1 (MQ=255) tCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAg > 2:5007/1‑141 (MQ=255) ccTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGaa > 2:215191/1‑141 (MQ=255) gTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCt < 1:517017/141‑1 (MQ=255) tAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtt < 1:560215/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 1:223276/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:933859/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:498032/141‑1 (MQ=255) 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1:469920/141‑1 (MQ=255) tGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGa > 2:507193/1‑141 (MQ=255) tGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCCTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATCACTATCAGACAATGTGa > 2:102123/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtt < 1:518994/141‑1 (MQ=255) aTAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGTAACCTTATTAAAATCAGACATTGTGAtt < 2:113631/141‑1 (MQ=255) tAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGTAACCTTATTAAAATCAGACATTGTGAttt < 1:60961/141‑1 (MQ=255) 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2:339211/141‑1 (MQ=255) cGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATcaca < 2:221974/141‑1 (MQ=255) gATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACat < 1:544495/141‑1 (MQ=255) gATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACat < 1:129539/141‑1 (MQ=255) | ATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACAT > CP000730/2413055‑2413333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |