| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,413,272 | 0 | T | A | 6.5% | 335.0 / 12.2 | 107 | I490F (ATT→TTT) | USA300HOU_2279 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/51); new base A (3/4); total (52/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
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(MQ=255) ttattaATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAgatga < 2:959460/141‑1 (MQ=255) attaATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATc < 2:270825/141‑1 (MQ=255) attaATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATc < 2:30962/141‑1 (MQ=255) attaATATCAGACATTGCACCAATTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATc < 1:555428/141‑1 (MQ=255) tatCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACAACTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAAttt > 1:593382/1‑141 (MQ=255) | ATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATTAGATGATCAATTT > CP000730/2413132‑2413412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |