| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,428,236 | A→G | 6.2% | intergenic (‑139/+463) | USA300HOU_2291 ← / ← lytR | formate dehydrogenase alpha subunit/transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,428,236 | 0 | A | G | 6.2% | 282.0 / 7.5 | 97 | intergenic (‑139/+463) | USA300HOU_2291/lytR | formate dehydrogenase alpha subunit/transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/44); new base G (3/3); total (50/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TATTACTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTGCGCGAAATTAAATCATCTTTTTGTTTAATTGAAAATAATTATCATTATTAG‑TTTTCCAATTATCTGTTTCACGCTTTTTGCCATATCTTTC > CP000730/2428097‑2428376 | tatTACTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTaa < 1:875082/141‑1 (MQ=255) cTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTCGATAAAAttt > 2:39882/1‑141 (MQ=255) cTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAGGTaggattg > 2:40021/1‑135 (MQ=255) cTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAAttt < 2:240285/141‑1 (MQ=255) 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1:165190/1‑141 (MQ=255) tAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCAttt < 1:911813/141‑1 (MQ=255) tAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCAttt < 1:1058802/141‑1 (MQ=255) tAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCAttt < 1:359952/141‑1 (MQ=255) tAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCAttt > 1:492006/1‑141 (MQ=255) gACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATCACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTAtt < 1:1007666/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttttCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATTTACTATTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTgc > 2:166652/5‑141 (MQ=255) ttGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTgc > 2:525358/1‑141 (MQ=255) tGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTGAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTgcg < 1:709649/141‑1 (MQ=255) gCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTTGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTgcgc > 1:859934/1‑141 (MQ=255) gCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTgcgc < 2:58063/141‑1 (MQ=255) cTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTGcgcg < 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TATTACTCACCCCGTCTATATATATTTTCCGTAAATGACTTTTAATAAATTGCTCATATCCACCTAAAATAACGATGCCCCACACATCTTTCAGATAGAATTAATTTAATTGTATTACTTTATGTACTAGTTGTTAAGTAAAATTTTGTATTTTGCCTTTTTACAATCATTTTTATTTGAAATATTTTGCGCGAAATTAAATCATCTTTTTGTTTAATTGAAAATAATTATCATTATTAG‑TTTTCCAATTATCTGTTTCACGCTTTTTGCCATATCTTTC > CP000730/2428097‑2428376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |