| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,565,219 | C→A | 5.3% | I449I (ATC→ATA) | nhaK → | CPA1 family monovalent cation:proton (H+) antiporter‑1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,565,219 | 0 | C | A | 5.3% | 345.8 / 5.1 | 104 | I449I (ATC→ATA) | nhaK | CPA1 family monovalent cation:proton (H+) antiporter‑1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/47); new base A (3/3); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TTATTGCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAACGAAAGTAAAAAAGACAAAAACGATACAAATTATCGCCCAGTATTAAACCAATACTATGGAGAATTGTTATTTTTATTAAATTCAGAACCTGATAATCAAAATACAAAAGAACTCAAACGTTTAGA > CP000730/2565080‑2565359 | ttattgCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATcc > 1:74991/1‑141 (MQ=255) attgCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAg < 1:295410/141‑1 (MQ=255) tgCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCa < 1:729173/141‑1 (MQ=255) tgCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCa < 1:100780/141‑1 (MQ=255) tCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCAtttt > 1:831128/1‑141 (MQ=255) cATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTaaaaa < 2:796840/141‑1 (MQ=255) aTGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAAc > 2:166202/1‑141 (MQ=255) tGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAACg > 1:847572/1‑141 (MQ=255) ttaattaGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAACGAAAGt > 2:382364/1‑141 (MQ=255) ttaattaGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAACGAAAGt > 2:307734/1‑141 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TTATTGCATCTTTCATGGTATTAATTAGTTTAATCTTAGCGCAAATTGTTTTACCTTTAATTACACCATCTGCCGAAGATACTACTTTTAAAGGTATGACTTATCAATCTGCCAAAATTTTCATTGTTCAAAAAGTGATCCAGCATTTTAAAAACGAAAGTAAAAAAGACAAAAACGATACAAATTATCGCCCAGTATTAAACCAATACTATGGAGAATTGTTATTTTTATTAAATTCAGAACCTGATAATCAAAATACAAAAGAACTCAAACGTTTAGA > CP000730/2565080‑2565359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |