| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,596,746 | T→C | 5.8% | T252T (ACA→ACG) | nikA ← | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,596,746 | 0 | T | C | 5.8% | 303.8 / 7.4 | 103 | T252T (ACA→ACG) | nikA | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/46); new base C (4/2); total (55/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CTGTTTTGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAATTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTGACTACGCTTAACTTGATAGTCACCTGTATCTTTCAATTGTTTTAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGTTAAA > CP000730/2596610‑2596886 | cTGTTTTGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAATTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTGACTACGCTTAACTTGATAGTCACCTGTATCTTTCAATTGTTTTAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTAc > 1:219085/1‑141 (MQ=255) tGTTTTGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAATTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTGACTACGCTTAACTTGATAGTCACCTGTATCTTTCAATTGTTTTAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTAcc < 2:599866/141‑1 (MQ=255) ttttGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAATTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTGACTACGCTTAACTTGATAGTCACCTGTATCTTTCAATTGTTTTAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACctc > 2:430837/1‑141 (MQ=255) ttttGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAAGTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTTACTACGCTTAACTTGATAGTCCCCTGTATCTGTGAATTGTTTGAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACctc < 2:710058/141‑1 (MQ=255) 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1:101568/1‑141 (MQ=255) agTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGt < 1:532639/141‑1 (MQ=255) gTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTa > 1:439585/1‑141 (MQ=255) tCTTTGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTAGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTAt > 2:787229/1‑141 (MQ=255) tttGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTg < 1:839836/141‑1 (MQ=255) ttGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGa < 2:320939/141‑1 (MQ=255) tGTCTAAGCTATCCGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGAt < 1:423842/141‑1 (MQ=255) gTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATc < 1:640244/141‑1 (MQ=255) tAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCAtt < 1:98201/141‑1 (MQ=255) tAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCAtt > 1:1048328/1‑141 (MQ=255) gCTATCTGTACCTCGATCATCTGTGAGGGCAAAGTGGGTTTGACCTTTTTGCAGTGATTGTAGTGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGGACTTTGTTAAGTTTAGACTTTGCTCCCTATTATTGANCAttttt > 2:812945/1‑141 (MQ=255) tATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGt < 1:271373/141‑1 (MQ=255) aTCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCTTTTTTAGGAATGCTGTTTCACCCGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGtt > 2:1043901/1‑141 (MQ=255) aTCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGtt < 1:891766/141‑1 (MQ=255) tCTGTTCCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGTTa < 1:441614/141‑1 (MQ=255) tCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGTTa > 1:873095/1‑141 (MQ=255) tGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGTTaaa < 1:391370/141‑1 (MQ=255) | CTGTTTTGTCACTCACAGCGTTATCTTTTTTACCAGAATTGACAACTAACATTTTCGTATTCATAGGTTGACTACGCTTAACTTGATAGTCACCTGTATCTTTCAATTGTTTTAAAGAGTCTTTGTCTAAGCTATCTGTACCTCTATCATCTGTGAAGGCAAAGTTCGTTTCACCTTTTTTCATTGATAGGAATGCTGTTTCACCAGCAGGCATTACTTTTGCTTGTACTTTGTTAAGTTTAGACTTTTCGCCCCAGTATTGATCATTTTTGTTAAA > CP000730/2596610‑2596886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |