| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,696,558 | T→C | 7.5% | intergenic (+110/‑130) | USA300HOU_2551 → / → copA | hypothetical protein/P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,696,558 | 0 | T | C | 7.5% | 290.9 / 9.8 | 104 | intergenic (+110/‑130) | USA300HOU_2551/copA | hypothetical protein/P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/40); new base C (3/5); total (58/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AAAGAATTTAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGC > CP000730/2696419‑2696692 | aGAATTTAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAGTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATtgttgt < 1:398182/141‑1 (MQ=255) aaTTTAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc > 2:924217/1‑141 (MQ=255) tttAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCaa > 2:975644/1‑141 (MQ=255) tttAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCaa < 2:765638/141‑1 (MQ=255) tttAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCaa > 1:150924/1‑141 (MQ=255) aaCCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTTTGCAATGt > 2:59618/1‑141 (MQ=255) aCCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGtt > 2:11458/1‑141 (MQ=255) aCCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGtt > 2:641890/1‑141 (MQ=255) cccATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGttt < 1:262227/141‑1 (MQ=255) cATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGc > 2:962832/1‑141 (MQ=255) aTCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAATAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCa > 1:658473/1‑141 (MQ=255) tCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGCCGTGCaaacattgcac < 1:599586/141‑10 (MQ=255) tGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGCCGTGCaaacattgcacaa < 1:746658/141‑12 (MQ=255) gATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGc < 2:218760/141‑1 (MQ=255) gATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGCCGTGCaaacattgcacaac < 2:168901/141‑13 (MQ=255) aTTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTATTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGCCGTGCaaacattgcacaaca < 1:559839/141‑14 (MQ=255) tttCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGctc > 1:302660/1‑139 (MQ=255) ttCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAt > 2:884100/1‑141 (MQ=255) tCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtc < 1:875768/141‑1 (MQ=255) cTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATg < 2:170746/126‑1 (MQ=255) cTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATg > 1:170746/1‑126 (MQ=255) tttAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctct < 1:112386/141‑1 (MQ=255) ttAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc < 2:426194/141‑1 (MQ=255) ttAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc > 1:439386/1‑141 (MQ=255) tAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATctctct > 1:1009056/1‑141 (MQ=255) aaGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctt > 2:504540/1‑141 (MQ=255) gTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttt < 2:699016/141‑1 (MQ=255) aCCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttct > 1:401840/1‑141 (MQ=255) aCCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttct > 2:421288/1‑141 (MQ=255) cTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:794376/141‑1 (MQ=255) aGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTa > 2:1035280/1‑141 (MQ=255) gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaa < 2:658090/141‑1 (MQ=255) aaTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaa > 1:941589/1‑141 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 1:1026605/141‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTattattt > 2:855325/1‑135 (MQ=255) cAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGGGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTgg > 2:235921/1‑141 (MQ=255) aaaTCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgt > 1:923197/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgta > 2:570912/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgta > 2:383382/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgta > 1:442850/1‑141 (MQ=255) cAGAAGTCGTTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaag > 2:194045/1‑141 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATGCATACATCCTTTGATATTAATTACGGCTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaagtaa > 2:542678/1‑141 (MQ=255) cATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACg > 1:723857/1‑141 (MQ=255) cATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACg > 2:477211/1‑141 (MQ=255) aTTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGc < 1:302203/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCa < 1:86385/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAATAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCa > 1:118217/1‑141 (MQ=255) ttAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCaa < 1:425452/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAAc < 1:610467/141‑1 (MQ=255) ttttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTTTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt > 2:933341/1‑141 (MQ=255) ttttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTCTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGAtt < 2:603719/141‑1 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGa < 1:333883/141‑1 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGa > 2:183192/1‑141 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGa < 1:375785/141‑1 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTCTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGa < 2:84041/141‑1 (MQ=255) ccTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTg > 2:232201/1‑137 (MQ=255) ccTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTg < 1:232201/137‑1 (MQ=255) tcatttatACATTCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAATAGAGAGATTGTTGTGCAATCTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAACAGTAAAACGCAACGATTGACTtatat < 2:907533/141‑1 (MQ=255) tcattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatat > 2:553672/1‑141 (MQ=255) cattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatata < 2:195055/141‑1 (MQ=255) catACATCCTTTAATATTAATTACCCCTTCATCTATATAGATTCTTAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCta < 1:754263/141‑1 (MQ=255) tACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCtata > 1:767037/1‑141 (MQ=255) tACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCtata > 1:630071/1‑141 (MQ=255) ccTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAggggg < 2:1001954/141‑1 (MQ=255) cTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGt < 1:516460/141‑1 (MQ=255) tttAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTa > 2:770589/1‑141 (MQ=255) tttAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTa < 1:901891/141‑1 (MQ=255) attaattaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAg < 2:37053/141‑1 (MQ=255) attaattaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAg > 2:656476/1‑141 (MQ=255) taattaCGACTTCTTTCATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGAc < 1:875083/141‑1 (MQ=255) aattaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTTAATTTGTTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATTTCTATAGGGGGTACATTAGCCg > 2:887340/1‑141 (MQ=255) aattaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACg > 1:814456/1‑141 (MQ=255) aattaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACg < 1:425128/141‑1 (MQ=255) attaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACgt < 2:801463/141‑1 (MQ=255) ttaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACgtg < 2:166594/141‑1 (MQ=255) aCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTa > 1:100176/1‑141 (MQ=255) aCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTa < 2:963092/141‑1 (MQ=255) aCTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACa > 2:341003/1‑141 (MQ=255) aCTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACa > 2:435600/1‑141 (MQ=255) aCTTCTTTTATATAGAGGCTAAGTAGAGAGAGTGTTGTGCAATGTTGGCACGGCGAGCGCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACGTATAGGGTGTACATGAGACGTGTAACa > 2:919600/1‑141 (MQ=255) cttcttTTACATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGCGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAAcga < 2:401402/141‑3 (MQ=255) ttATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATc < 1:107359/141‑1 (MQ=255) taGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAgg < 1:999784/141‑1 (MQ=255) gATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGa > 1:51161/1‑141 (MQ=255) gATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGa > 2:348966/1‑141 (MQ=255) aTGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAg > 2:958921/1‑141 (MQ=255) tGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAgg > 1:833236/1‑141 (MQ=255) gCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGc < 1:276094/141‑1 (MQ=255) cTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCa < 1:888681/141‑1 (MQ=255) tAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCaa > 1:425856/1‑141 (MQ=255) aaaaagagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTATAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGAACATAAAACGTGTAACAATGAAACGCAGGGCGGCaaa > 1:295821/5‑140 (MQ=21) aaGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACGTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCaat > 1:884606/1‑141 (MQ=255) aGTAGAGAGATTGGTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCaata < 2:1080555/141‑1 (MQ=255) agagagATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtg > 1:311039/1‑141 (MQ=255) agagagATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtg > 1:396244/1‑141 (MQ=255) agagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtg > 1:164413/1‑141 (MQ=38) agagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACAGTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtg > 1:374758/1‑141 (MQ=37) agagaTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtgtg > 2:268868/1‑141 (MQ=255) agaTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAAtgtaga > 1:817807/1‑138 (MQ=255) agaTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGc > 1:817793/1‑141 (MQ=255) | AAAGAATTTAACCCATCTGATTTCTTTTAAGTCACCTAAGAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCTATAGGGGGTACATTAGACGTGTAACAATGAATCACAGGGAGGCAATAATGTGGC > CP000730/2696419‑2696692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |