| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,797,730 | T→C | 5.5% | intergenic (+18/+249) | acmB → / ← USA300HOU_2645 | possible N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/possible isochorismatase hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,797,730 | 0 | T | C | 5.5% | 301.3 / 4.2 | 102 | intergenic (+18/+249) | acmB/USA300HOU_2645 | possible N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/possible isochorismatase hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/45); new base C (2/4); total (53/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAAGTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCAAA > CP000730/2797590‑2797870 | aaaGTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATAGATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGt < 1:513580/141‑1 (MQ=255) aGTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTaa < 1:802199/141‑1 (MQ=255) aGTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTaa > 2:996020/1‑141 (MQ=255) gTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTaaa < 2:258230/141‑1 (MQ=255) gTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTaaa > 1:284994/1‑141 (MQ=255) tAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAAt > 2:1036358/1‑141 (MQ=255) tGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGta > 1:806184/1‑141 (MQ=255) cTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGATCTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAAc < 2:970654/141‑1 (MQ=255) cTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAAc < 2:662047/141‑1 (MQ=255) cTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAAc < 2:684651/141‑1 (MQ=255) tATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGt < 1:116030/141‑1 (MQ=255) aTTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGtt > 2:278160/1‑141 (MQ=255) ttCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCg < 1:598534/141‑1 (MQ=255) cAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGa > 1:483897/1‑141 (MQ=255) gAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACt > 2:334980/1‑141 (MQ=255) aaaTCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTACATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACt < 2:363228/140‑1 (MQ=255) aaTCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTaa < 2:858296/109‑1 (MQ=255) aaTCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACtt > 2:577390/1‑141 (MQ=255) tCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTaa > 1:705463/1‑141 (MQ=255) tCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTaa < 1:704175/141‑1 (MQ=255) tCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACAATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTaa < 2:473020/141‑1 (MQ=255) ccAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTaaa < 2:30352/141‑1 (MQ=255) cAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTaaaa > 2:701603/1‑140 (MQ=255) aaTGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACa > 2:1002380/1‑141 (MQ=255) ttAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATAtt < 2:308645/141‑1 (MQ=255) aGGATTAGGTATTATTTCTCATAGAATTATTAACGCAGCTGTAGATGAAGAATAATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTg < 1:822288/141‑1 (MQ=255) aGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGt > 2:980280/1‑107 (MQ=255) aGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGt < 1:980280/107‑1 (MQ=255) ggATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGt > 1:629015/1‑141 (MQ=255) ggATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGt > 1:586384/1‑141 (MQ=255) gATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGtt < 2:978383/141‑1 (MQ=255) gATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGtt < 1:1078748/141‑1 (MQ=255) aTTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGa > 2:594478/1‑141 (MQ=255) tctcATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACTGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGAttt < 2:685109/141‑1 (MQ=255) tctcATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGAttt < 1:966205/141‑1 (MQ=255) tctcATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGAttt < 2:227442/141‑1 (MQ=255) tctcATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGAttt < 2:385390/141‑1 (MQ=255) ctcATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTc > 2:904272/1‑141 (MQ=255) cATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCtt > 2:579474/1‑141 (MQ=255) tAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATGAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTAt < 2:124595/141‑1 (MQ=255) tAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTAt < 1:141695/141‑1 (MQ=255) aGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTAtt > 1:311401/1‑141 (MQ=255) aGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTAtt > 2:957835/1‑141 (MQ=255) aGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCCTAtt > 2:560023/1‑141 (MQ=255) gAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTc > 1:1082785/1‑141 (MQ=255) tATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAAtt < 2:910010/141‑1 (MQ=255) tCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTGTAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTaa > 2:294387/1‑141 (MQ=255) cAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTaaa > 2:35904/1‑141 (MQ=255) cAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTaaa < 2:379573/141‑1 (MQ=255) cAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTaaa > 2:444094/1‑141 (MQ=255) aaCGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAc > 1:930865/1‑141 (MQ=255) aCGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAcc < 1:148916/141‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAcc > 2:495835/1‑141 (MQ=255) aCGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTAATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAcc < 1:472895/141‑1 (MQ=255) cGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAccc < 1:673431/141‑1 (MQ=255) cGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAccc > 2:722438/1‑141 (MQ=255) agcggcagCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAg > 2:515319/8‑141 (MQ=255) gCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAGCCCGAgg < 2:991487/141‑1 (MQ=255) gCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAgg < 1:518453/141‑1 (MQ=255) tGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTAT‑‑TATTAAACCCGCAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGTAtt > 1:835417/1‑141 (MQ=39) gCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCAt > 2:1026604/1‑141 (MQ=255) ccGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCAtt > 2:477989/1‑141 (MQ=255) cGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTc > 2:461619/1‑141 (MQ=255) cGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTc < 1:286579/141‑1 (MQ=255) gaagaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGtt > 1:1018698/1‑141 (MQ=255) gaagaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGtt > 1:1018120/1‑141 (MQ=255) aagaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTc < 2:930281/141‑1 (MQ=255) aagaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTc < 2:871908/141‑1 (MQ=255) aagaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTAT‑‑TATTAAACCCGCAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTcgaactga < 1:623925/141‑8 (MQ=255) gaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTcgaactga < 2:971120/141‑8 (MQ=255) gaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTcgaactga < 1:1048199/141‑8 (MQ=255) gaaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGa < 2:978982/141‑1 (MQ=255) aaTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAGACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGaa > 1:783070/1‑141 (MQ=255) aTTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTcgaactgaat < 1:673422/141‑10 (MQ=255) ttATCATATATTACAGGTAAATAAGTAT‑‑TATTAAACCCGCAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGTATTCAGTTCGAACGcc < 2:1060832/141‑1 (MQ=39) tATCATATATTACAGGTAAATAAGTAT‑‑TATTAAACCCGCAAAATTTAAAAGTATAAACAAGGAGTTCGGTCTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGAGTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTcgaactgaatacct < 1:718075/141‑14 (MQ=255) aTCATATATCACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGcc > 1:953284/1‑141 (MQ=255) atatTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCggg < 1:1005938/141‑1 (MQ=255) atatTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCggg > 2:459866/1‑141 (MQ=255) atatTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACACGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCggg > 2:1057006/1‑141 (MQ=255) aGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGtttt > 1:148743/1‑141 (MQ=255) aGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGtttt > 1:379595/1‑141 (MQ=255) aaaTAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTtatat > 1:745337/1‑141 (MQ=255) aaaTAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTtatat > 2:826793/1‑141 (MQ=255) aaTAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATATGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGTGTCGTTTtatata > 1:758663/1‑141 (MQ=255) aGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAata > 1:622519/1‑141 (MQ=255) tattatattaAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAatata > 2:385297/1‑141 (MQ=255) tatattaAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATAtatta > 1:517559/1‑141 (MQ=255) atattaAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATAtattat < 2:287517/141‑1 (MQ=255) attaAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTAttt > 1:761767/1‑141 (MQ=255) attaAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTAttt > 1:589994/1‑141 (MQ=255) taAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTa < 2:632181/141‑1 (MQ=255) taAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTa < 2:735825/141‑1 (MQ=255) aaaCCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTAt > 2:1086024/1‑141 (MQ=255) aCCCGCAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCCGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGTATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCATTTTATATAAATATATTATTTTATGt < 1:354592/141‑1 (MQ=255) cccGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGtt < 2:795384/141‑1 (MQ=255) cccGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGtt < 2:904993/141‑1 (MQ=255) cGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCa < 1:949658/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCaaa < 2:912822/141‑1 (MQ=255) tAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCaaa > 1:615312/1‑141 (MQ=255) | AAAGTTAACAGTGATGGTTCTATCGTTATTTCAGAATCCAATGTTAAAGGATTAGGTATCATTTCTCATAGAACTATCAACGCAGCTGCCGCTGAAGAATTATCATATATTACAGGTAAATAAGTATTATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTCGTTTTATATAAATATATTATTTTATGTTCAAA > CP000730/2797590‑2797870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |