| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 109,522 | G→A | 5.6% | T196T (ACG→ACA) | plc → | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 109,522 | 0 | G | A | 5.6% | 329.4 / 4.7 | 105 | T196T (ACG→ACA) | plc | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/43); new base A (4/2); total (60/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAGACATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGGTACGTACATAAAAAGTGGTTATGGTGCTGACACGTCAGGTATTCAATGGGCAGACAATGCGACATTTGAAACGAAAATTAATAATGGTAGCTTAAATTTAAAAGTACAAGATGAGTATAAAGATTACTATGATAAAAAAGTT > CP000730/109382‑109660 | aGACATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGgtacgt > 2:187673/1‑141 (MQ=255) gACATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGgtacgta > 1:118239/1‑141 (MQ=255) aCATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGgtacgtac > 2:426102/1‑141 (MQ=255) cATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGGTACGTACa < 1:277040/141‑1 (MQ=255) 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AAGACATTTGAAGAAATTTTTAGAGAATATTATTATAATAACCCGCAATATCAGAATCTTTTTTACACAGGAAGTAATGCGAATCCTACTTTAAAAGAAACGAAAGGTAAAATTGTCCTATTCAATAGAATGGGGGGTACGTACATAAAAAGTGGTTATGGTGCTGACACGTCAGGTATTCAATGGGCAGACAATGCGACATTTGAAACGAAAATTAATAATGGTAGCTTAAATTTAAAAGTACAAGATGAGTATAAAGATTACTATGATAAAAAAGTT > CP000730/109382‑109660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |