| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 153,657 | T→C | 8.0% | A420A (GCT→GCC) | USA300HOU_0144 → | MOP superfamily multidrug/oligosaccharidyl‑lipid/polysaccharide flippase transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 153,657 | 0 | T | C | 8.0% | 196.6 / 5.7 | 73 | A420A (GCT→GCC) | USA300HOU_0144 | MOP superfamily multidrug/oligosaccharidyl‑lipid/polysaccharide flippase transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/33); new base C (3/3); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCAAA > CP000730/153517‑153796 | atatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTgctgct < 1:244177/141‑1 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg < 1:508580/141‑1 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg > 1:638574/1‑141 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg < 2:444108/141‑1 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg < 2:385219/141‑1 (MQ=255) tatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAATATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGtt > 2:862784/1‑141 (MQ=255) atTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTa < 1:318369/141‑1 (MQ=255) ttttATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTatg < 1:44707/141‑1 (MQ=255) tATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTatgatg < 1:472864/141‑1 (MQ=255) aTGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGt > 1:594353/1‑141 (MQ=255) gAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTa < 2:1082728/141‑1 (MQ=255) gAATTTACGGTGCGGCTATTGCACGTTTAATTACAGAGTTTATCTTACTTATTTGGCGATTTGTTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTa > 2:759909/1‑141 (MQ=255) aTTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTAtt > 2:790856/1‑141 (MQ=255) tttACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTatatag > 1:817795/1‑139 (MQ=255) tACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATtgtg < 1:682458/141‑1 (MQ=255) cGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCt < 1:316026/141‑1 (MQ=255) gctgctATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTATGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTATTGTGCTTGgt < 2:605777/141‑1 (MQ=255) gctgctATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGgt < 2:664000/141‑1 (MQ=255) ctATTGCACGTTTAATTACAGAGTTTATCTTACTTATTTGGCGATTTGTTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTgg < 1:506873/141‑1 (MQ=255) tATTGCGCGTTTAAGTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGt < 2:77708/141‑1 (MQ=255) aTTGCACGTTTAATTACAGAGTTTATCTTACTTATTTGGCGATTTGTTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTc > 2:776094/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTg < 2:157741/141‑1 (MQ=255) tACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGcc > 2:488365/1‑141 (MQ=255) tACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGcc > 2:393024/1‑141 (MQ=255) gagTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCt > 1:768772/1‑141 (MQ=255) gTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTAc > 2:76263/1‑141 (MQ=255) gTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTAc > 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2:466719/141‑1 (MQ=255) cTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGta > 1:186390/1‑141 (MQ=255) aaaTCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTAtag > 1:6115/1‑141 (MQ=255) aaaTCAATGTGAAGCTGAATACAGTACGTACGCTTGAAGGTTTCATGGCTTCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTAtag < 1:585197/141‑1 (MQ=255) tCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTAtagtag > 1:604850/1‑141 (MQ=255) tCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTAtagtag > 1:763668/1‑141 (MQ=255) cAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATagtagt > 1:1012337/1‑141 (MQ=255) cAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATagtagt < 1:48769/141‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGttt < 2:717489/141‑1 (MQ=255) tgtgAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTGCGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTa > 1:802835/1‑141 (MQ=255) gAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCt < 1:544928/141‑1 (MQ=255) aGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCttt < 1:355816/141‑1 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ATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCAAA > CP000730/153517‑153796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |