| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 159,006 | G→T | 6.1% | S441I (AGC→ATC) | deoD → | MFS family major facilitator transporter, tetracycline:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 159,006 | 0 | G | T | 6.1% | 386.9 / 9.3 | 115 | S441I (AGC→ATC) | deoD | MFS family major facilitator transporter, tetracycline:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/64); new base T (4/3); total (48/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGTAGGTATTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATCACAC > CP000730/158866‑159146 | tGTAGGTNTTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAg > 2:1014134/1‑141 (MQ=255) gTAGGTATTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAGc < 2:525774/141‑1 (MQ=255) tAGGTATTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAGCt > 1:226883/1‑141 (MQ=255) tAGGTATTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAGCt < 2:848930/141‑1 (MQ=255) 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2:684022/141‑1 (MQ=255) tATTCGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAatatat > 2:480785/1‑141 (MQ=255) tATTCGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAatatat > 2:51234/1‑141 (MQ=255) aTTCGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAAtatata > 1:82188/1‑141 (MQ=255) cGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGAt < 2:91251/141‑1 (MQ=255) tCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATca > 1:887911/1‑141 (MQ=255) tCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATca > 1:490839/1‑141 (MQ=255) tCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATca > 1:480707/1‑141 (MQ=255) aGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATTAATGCGCTATATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATcaca < 1:972608/141‑1 (MQ=255) gCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATCacac < 2:794354/141‑1 (MQ=255) gCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATAAATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATCacac < 2:640857/141‑1 (MQ=255) | TGTAGGTATTGCGATTGCTGCGGCTCTAATCGATTTTAAAGCATTAAATTTCCCAGGCAATGATGCATTAAGTTCACATTTCGGTATTATTTTAATTATTTTAGGTTTAATGAGTATTGTCGGATTAGTTTTATTCGTCAGCTTAAATCGTTGGACACAATCTGAAAAATAAATAGATATAAATTCGCGAGATATATTCGTATTTATAGTAAAATTAAATAAAGAGATTATATAACACGAGGAGTAGTAAGTATGAAATTTGAGAAATATATAGATCACAC > CP000730/158866‑159146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |