| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 178,248 | T→G | 7.8% | Y75D (TAT→GAT) | cap5E → | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 178,248 | 0 | T | G | 7.8% | 262.7 / 13.2 | 90 | Y75D (TAT→GAT) | cap5E | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/47); new base G (4/3); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
TATTAAAGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAATAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTTTATTACGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGTTAAAAAAGTCATATGT > CP000730/178109‑178388 | tatTAAAGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAAGAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTtta < 1:565286/141‑1 (MQ=255) atTAAAGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAATAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTttat < 2:653311/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAATAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTTTATTAc > 1:804499/1‑141 (MQ=255) aaaGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAATAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTTTATTAc > 1:695718/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gaTGTTTATTACGTATTCCATGCAGCAGCTGTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGTTAAAAAAGTc > 2:975225/1‑141 (MQ=255) gaTGTTGATTACGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGtagaactttaa < 2:443217/141‑11 (MQ=255) ttattaCGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGTTAAAAAAGTCATATg > 2:517969/1‑141 (MQ=255) ttattaCGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGTTAAAAAAGTCATATg < 2:570127/141‑1 (MQ=255) tattaCGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTGCCAGTAGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAAAAAAAAAAAAGTCATATGt < 2:932356/141‑1 (MQ=255) | TATTAAAGAAATTCGTATTTTTTCACGCGATGAGAAAAAACAAGATGACATTCGAAAAAAATATAATAATTCAAAATTAAAGTTCTACATTGGTGATGTGCGTGATAGTCAAAGTGTAGAAACAGCAATGCGAGATGTTTATTACGTATTCCATGCAGCAGCTTTAAAACAAGTGCCGTCATGTGAATTCTTTCCAGTTGAGGCAGTGAAGACAAATATTATTGGTACAGAAAATGTCTTACAAAGTGCTATTCATCAAAATGTTAAAAAAGTCATATGT > CP000730/178109‑178388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |