| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 181,717 | T→A | 5.7% | G137G (GGT→GGA) | cap5H → | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 181,717 | 0 | T | A | 5.7% | 268.4 / 6.8 | 89 | G137G (GGT→GGA) | cap5H | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/45); new base A (2/3); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAATGTAGGAGCATATGAGGTTGTTGGTGGTGTTCCTGCAAAAGTGATTAAGAAGCGATTTGACAATAAAACAATTGA > CP000730/181577‑181845 | tttAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGt > 1:88678/1‑141 (MQ=255) tAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGttt > 2:794109/1‑141 (MQ=255) tAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGttt > 1:127265/1‑141 (MQ=255) tAGCTCATCACCGATTTTTTATCCTAATAATAATCCATTTAACATACAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGttt < 1:537487/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |