| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 209,797 | T→C | 5.8% | V2069A (GTA→GCA) | USA300HOU_0192 → | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 209,797 | 0 | T | C | 5.8% | 278.6 / 5.4 | 100 | V2069A (GTA→GCA) | USA300HOU_0192 | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/41); new base C (3/3); total (55/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TAATCTTTCGGAATTACAAAAGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTATTTTTCAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTCA > CP000730/209660‑209937 | tAATCTTTCGGAATTACAAAAGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGtact > 1:586244/1‑141 (MQ=255) aTCTTTCGGAATTACAAAAGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGtactac < 2:849420/141‑1 (MQ=255) ttttgtaattccgaaaGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAg > 2:288146/14‑141 (MQ=255) tttCGGAATTACAAAAGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAg > 1:424449/1‑141 (MQ=255) 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gggTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATaa > 2:847399/1‑141 (MQ=255) ggTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGNTGATAAt > 2:815648/1‑141 (MQ=255) ggTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTGTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAAt < 2:179675/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAg > 1:485780/1‑141 (MQ=255) tttAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGa < 1:57426/141‑1 (MQ=255) tttAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGa < 1:1028244/141‑1 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(MQ=255) gTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTATTTTTCAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTc < 2:278333/141‑1 (MQ=255) tactacAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTCTTTAAAAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTCa > 1:827515/1‑141 (MQ=255) tactacAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTATTTTTCAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTCa > 2:723302/1‑141 (MQ=255) tactacAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTATTTTTCAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTCa > 1:206008/1‑141 (MQ=255) | TAATCTTTCGGAATTACAAAAGATTGTTATGTCTCGTTATAACTTGGGTATTTTAGAGGATAGTCTAAGTCATCGACCTCTAGGAAATACACTATTGACTGGCGCGACAGGTTTTTTAGGTGCTTATCTGATTGAAGTACTACAAGGATACAGTCATCGCATTTATTGTTTCATACGTGCTGATAATGAGGAAATAGCATGGTATAAGTTGATGACGAATTTAAATGATTATTTTTCAGAAGAGACGGTTGAAATAATGTTATCAAACATTGAAGTCA > CP000730/209660‑209937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |