| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 28,711 | T→C | 5.0% | N409N (AAT→AAC) | yycH → | hypothetical protein YycH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 28,711 | 0 | T | C | 5.0% | 355.0 / 6.1 | 119 | N409N (AAT→AAC) | yycH | hypothetical protein YycH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/60); new base C (2/4); total (55/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CACCGACGTTGTTTTAAATAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAAATGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACTTTTCA > CP000730/28573‑28850 | cACCGACGTTGTTTTAAATAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAAATGCAGGATAATTc < 2:523029/141‑1 (MQ=255)cACCGACGTTGTTTTAAATAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAAATGCAGGATAATTc > 1:239751/1‑141 (MQ=255) cGACGTTNTTTTAAAGAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAGATGCAGGATAATTCAGa < 2:816314/141‑1 (MQ=255) gACGTTGTTTTAAATAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAAATGCAGGATAATTCAGAt < 2:514090/141‑1 (MQ=255) 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tCGGTTACGAAATGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGa < 2:144536/141‑1 (MQ=255) gTTACGAAATGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAAc < 1:308213/141‑1 (MQ=255) aCGAAATGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGa > 1:733430/1‑141 (MQ=255) aCGAAATGCAGGATAACTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGTGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGa > 1:31159/1‑141 (MQ=255) aaTGGAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACaaa < 2:205621/141‑1 (MQ=255) tGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGa > 1:1004366/1‑141 (MQ=255) tGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGa < 1:363623/141‑1 (MQ=255) gATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACtt > 1:634152/1‑141 (MQ=255) gATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACtt < 1:10947/141‑1 (MQ=255) aaTTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACGCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACTTTTc < 1:456816/141‑1 (MQ=255) aTTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACTTTTCa > 2:267877/1‑141 (MQ=255) | CACCGACGTTGTTTTAAATAGTGAGGATAATAAATCGTTGCCGAAATTAGAGTCTGTACGTTCAAGCTTAGCGAACAATAGTGATATTAATTTTGAAAAAGTAACAAACATCGCTATCGGTTACGAAATGCAGGATAATTCAGATCATAATCACATTGAAGTGCAGATTAACAGTGAACTCGTACCGCGTTGGTATGTAGAATATGATGGCGAATGGTATGTTTATAACGATGGGAGGCTTGAATAAATGAACTGGAAACTGACAAAGACACTTTTCA > CP000730/28573‑28850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |